ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)实验指南和实践(ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia),由ENCODE(Encyclopedia of DNA Elements)和modENCODE(Model Organism ENCODE)联盟研究人员撰写。文章发表在《Genome Research》期刊上,从ChIP概述、ChIP-seq实验设计注意事项、数据评估及数据报告指南...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: (1) 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,...
ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)实验指南和实践(ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia),由ENCODE(Encyclopedia of DNA Elements)和modENCODE(Model Organism ENCODE)联盟研究人员撰写。文章发表在《Genome Research》期刊上,从ChIP概述、ChIP-seq实验设计注意事项、数据评估及数据报告指南...
ChIP-seq实验设计注意事项: (1)抗体和免疫共沉淀特异性: ChIP实验的质量取决于抗体的特异性和亲和沉淀步骤中实现的富集程度。人类细胞和果蝇胚胎中的大多数ENCODE/modENCODE ChIP实验用抗个体因子和组蛋白修饰抗体进行。 抗体缺陷主要有两种类型:(1)对预期靶点的反应性差,和/或(2)与其他DNA相关蛋白的交叉反应性。
ChIP 实验设计指南 (1)测序和文库复杂性 对于每个哺乳动物基因组的ChIP-seq点源库,ENCODE的目标是在每次重复中获得≥10M唯一比对reads,以及目标NRF(非冗余分数)≥0.8。modENCODE点源因子的相应目标是每次重复获得≥2M唯一比对reads,≥0.8 NRF。果蝇中的广源ChIP-seq,modENCODE目标reads是≥5M,哺乳动物广源组蛋白标记...
野生型S. erythraea和DisA过表达菌株在TSB液体培养基中生长，并使用特定的抗DasR抗体进行ChIP-seq实验。
ChIP-seq实验设计注意事项: (1)抗体和免疫共沉淀特异性: ChIP实验的质量取决于抗体的特异性和亲和沉淀步骤中实现的富集程度。人类细胞和果蝇胚胎中的大多数ENCODE/modENCODE ChIP实验用抗个体因子和组蛋白修饰抗体进行。 抗体缺陷主要有两种类型:(1)对预期靶点的反应性差,和/或(2)与其他DNA相关蛋白的交叉反应性。
ChIP-seq实验设计注意事项: (1)抗体和免疫共沉淀特异性: ChIP实验的质量取决于抗体的特异性和亲和沉淀步骤中实现的富集程度。人类细胞和果蝇胚胎中的大多数ENCODE/modENCODE ChIP实验用抗个体因子和组蛋白修饰抗体进行。 抗体缺陷主要有两种类型:(1)对预期靶点的反应性差,和/或(2)与其他DNA相关蛋白的交叉反应性。
大多数的ChIP-seq研究中,read长度和测序类型并不是决定性因素,现在的标准使用单端50nt测序也是足够推断结合位点的。一般来说,更长的或者双端测序reads会有更大的几率唯一比对到基因组,甚至在一些小的重复区域。 note: 如果要想结合到重复区域,最好使用PE测序并选最长的reads,这样reads很可能会超过重复区域的长度,然...