在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: (1) 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 3、结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP...
图1.ChIP实验原理图 ChIP-Seq技术是将ChIP与第二代测序技术相结合,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子、辅助因子等互作的DNA区段。 ChIP-Seq原理 首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文...
本ChIP实验设计指南确保了ChIP-seq实验能够产生高质量、可重复的数据,这对于后续的分析和生物学发现至关重要。通过遵循这些标准,研究人员可以提高实验的准确性和可靠性,从而为科学界提供有价值的数据资源。 ChIP-seq实验设计注意事项: (1)抗体和免疫共沉淀特异性: ...
ChIP 实验设计指南 (1)测序和文库复杂性 对于每个哺乳动物基因组的ChIP-seq点源库,ENCODE的目标是在每次重复中获得≥10M唯一比对reads,以及目标NRF(非冗余分数)≥0.8。modENCODE点源因子的相应目标是每次重复获得≥2M唯一比对reads,≥0.8 NRF。果蝇中的广源ChIP-seq,modENCODE目标reads是≥5M,哺乳动物广源组蛋白标记...
提示：在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管，因为阴性对照没必要拿去测序。注意：IgG管，Anti-target管统称为IP管，都需要进行免疫沉淀富集目的DNA片段的完整流程（IgG管使用normal IgG结合，Anti-target管使用目的蛋白的一抗结合，后续均使用Protein A/G磁珠捕获，并洗脱目的DNA）。Input管不需要进行免疫沉淀流程，直接进入...
由于更高的分辨率，ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChIP-chip有了明显的提高(Luo and Lam, 2014)。因此，ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子（TF）结合位点的流行方法。02模式植物的ChIP实验流程 模式植物（水稻和拟南芥）的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先，用甲醛处理...