在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: (1) 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: (1) 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
ChIP 实验设计指南 (1)测序和文库复杂性 对于每个哺乳动物基因组的ChIP-seq点源库,ENCODE的目标是在每次重复中获得≥10M唯一比对reads,以及目标NRF(非冗余分数)≥0.8。modENCODE点源因子的相应目标是每次重复获得≥2M唯一比对reads,≥0.8 NRF。果蝇中的广源ChIP-seq,modENCODE目标reads是≥5M,哺乳动物广源组蛋白标记...
ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslink)释放结合蛋白的DNA片段,最后测序获得DNA片段的序列。 注意:...
ChIP 实验设计指南 (1)测序和文库复杂性 对于每个哺乳动物基因组的ChIP-seq点源库,ENCODE的目标是在每次重复中获得≥10M唯一比对reads,以及目标NRF(非冗余分数)≥0.8。modENCODE点源因子的相应目标是每次重复获得≥2M唯一比对reads,≥0.8 NRF。果蝇中的广源ChIP-seq,modENCODE目标reads是≥5M,哺乳动物广源组蛋白标记...
由于更高的分辨率，ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChIP-chip有了明显的提高(Luo and Lam, 2014)。因此，ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子（TF）结合位点的流行方法。02模式植物的ChIP实验流程 模式植物（水稻和拟南芥）的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先，用甲醛处理...
提示：在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管，因为阴性对照没必要拿去测序。注意：IgG管，Anti-target管统称为IP管，都需要进行免疫沉淀富集目的DNA片段的完整流程（IgG管使用normal IgG结合，Anti-target管使用目的蛋白的一抗结合，后续均使用Protein A/G磁珠捕获，并洗脱目的DNA）。Input管不需要进行免疫沉淀流程，直接进入...