它结合了免疫沉淀和测序技术,广泛应用于基因组学和表观遗传学研究。 chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 交联:使用化学交联剂(如甲醛)将蛋白质与 DNA 交联在一起。 裂解:用裂解缓冲液破碎细胞膜,释放染色质。 1.2 染色质剪切 剪切:使用超声波或酶处理将染色质剪切成小片段(通...
Chip-seq是一种结合了染色质免疫沉淀(ChIP)和高通量测序(sequencing)的技术,用于研究特定蛋白质与DNA之间的相互作用。通过该技术,我们可以确定蛋白质与DNA的结合位点,并进一步了解这些结合位点在基因调控中的作用。 二、实验步骤 1. 交联:首先,将细胞或组织交联,使DNA与蛋白质相互交联形成复合物。这一步骤可以使用甲...
Chip-seq技术的流程包括以下步骤: 1. 样品制备 样品制备是Chip-seq实验的第一步。样品可以是细胞、组织或DNA-protein复合物。样品制备的关键是保持样品的完整性和质量。对于细胞和组织样品,需要进行细胞裂解和核提取;对于DNA-protein复合物,需要进行交联和裂解。 2. 免疫共沉淀 免疫共沉淀是Chip-seq实验的核心步骤...
第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质样品一起孵育,使抗体与目标蛋白质结合。这一步骤的目的是选择性地富集与特定蛋...
二、ChIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 ChIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、clean reads比对、蛋白因子结合位点检测、结合位点周围候选靶基因注释、样本组间数据比较和差异结合位点的确定、特定基因的功能富集分析、个性化下游分析。 三、应用领域 四、ChIP-seq数据分析在...
ChIP-seq已经成为研究转录因子功能和调控网络的金标准。 以下是ChIP-seq实验的主要步骤: 1.染色质免疫沉淀:通过使用特定抗体识别并结合目标转录因子,将其与染色质DNA一起沉淀下来。 2.逆转录:将沉淀的DNA进行逆转录,生成cDNA文库。 3.高通量测序:将cDNA文库进行高通量测序,获得测序数据。 4.数据分析:通过生物信息...
ChIP-seq免疫沉淀实验方法 免疫沉淀实验步骤分享: 1.将含有被消化的染色质的上清液的10 μL转移到一个1.5 mL的试管中,并在-20°C下保存。这是来自一个样本的10%的总input样本。 2.将剩余的90 μL上清液转入410 μL的1X IP稀释缓冲液中 3.添加一抗...
scChIP-seq开发了几种ChIP-free方法:单细胞染色质免疫裂解测序(scChIC-seq)和单细胞uliCUT&RUN,它们基于CUT&RUN方法,采用MNase和蛋白A融合蛋白(protein A fusion proteins)检测具有特异性抗体的裂解靶点。通过严格实验步骤进行文库制备,每个细胞可产生约4100个不重复reads,缺点是reads比对率比较低(∼6%)。另外还有三...
生信基础：ChIP-seq流程与结果解读ChIP-seq实验流程主要包括以下步骤:1. DNA与蛋白质交联: 通过细胞渗透性增强和甲醛处理，目标蛋白与DNA发生交联，随后进行细胞裂解和核DNA提取。2. 染色体片段化: 通过超声破碎或核酸酶消化，将染色体片段化。实验组使用超声产物与抗体-磁珠结合，对照组则直接解交联DNA。3...
但是有些情况下,蛋白结合的DNA序列是未知的,这时我们需要使用ChIP结合测序(Seq)方法检测,ChIP-Seq一般包括3个步骤:ChIP反应,文库构建和测序。一般有两种方法操作,一种使用普通ChIP试剂盒,获得纯化的DNA,然后交个测序公司,由公司进行文库构建和测序。还有一种叫做ChIP-Seq试...