原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. 处理准备...
一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R1.fg.gz out.R2.fg.gz -o 输出路径 -t 线程数量 运行结束后生成两个文件一个.html网页文件,一个是.zip...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
Motif(基序)分析:在ChIP-seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解,那么什么是motif呢?蛋白质发挥功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构,不同结构的domain与其他分子特异结合从而发挥功能。与此类似,转录因子在与DNA序列结合时,其结合位点...
1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 1.1. 实验处理 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。 添加 末端修复、A 尾和 Illumina adapters。
Q1 ChIP-seq的分析一般有哪些步骤呢? ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序,是指通过染色质免 1)FastQC用于简单的质量控制(quality control),FastQ_Screen用于检查测序数据有无污染; 2)经过质控的reads通过bowtie2与参考基因组比对; 3)ChIP-seq peaks则用MACS2进行分析; ...
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP )也称结合位点分析法,研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种方法,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术 ,能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片...
ChIP-seq技术是一种以研究蛋白质与染色体DNA的相互作用为主要目的的高通量数据分析手段,其实验部分主要包含染色质免疫共沉淀(ChIP)样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。 1)ChIP实验基本步骤 ①甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来; ...
测序之后,我们当然首先需要做质量控制,然后就是做mapping,拿到这些DNA片段在染色体上的位置信息,ChIPseq的数据我们还需要做peak calling,把背景噪声去掉,比如上图中使用MACS做peak calling,这样我们就得到了protein binding site (peak),就可以做下游的分析,比如可视化、相关的基因(比如最近的基因、宿主基因)、Motif分析...