原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. 处理准备...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R1.fg.gz out.R2.fg.gz -o 输出路径 -t 线程数量 运行结束后生成两个文件一个.html网页文件,一个是.zip...
bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479625_1.fastq -2 SRR5479625_2.fastq -S /data/chen/Data/GSE98149/chip-seq/h3k9me3/alignment/TSC_rep1.sam & bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479626_1.fastq -2 SRR5...
通过对ChIP-seq数据进行系统化的生物信息学分析,我们能够获得如下结果: 1)通过检测疾病相关转录调控原件确定该转录调控原件的下游靶基因集合或观察病灶部位内部的表观遗传状态异常; 2)比较疾病样本和正常样本中转录调控原件在染色体上结合位置的差异,选取疾病特异性的转录调控原件结合位点,观察这些位点周围的基因,缩小候选...
1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。可以使用fastqc工具进行质量控制。 #运行fastqc命令fastqc -o output_dir input.fastq.gz 1. 2. 这里需要将"output_dir"替换为输出目录的路径,"input.fastq.gz"替换为原始测序数据的路径。FastQC会生成一个HTML报告,其中包含了质量评...
ChIP-seq测序数据分析 以下程序运行在ubuntu环境。 数据分析过程主要使用测序获得的fastq原始文件进行下一步分析。 下图表示的是通常情况下,一组高通量测序的数据流转流程。 通常的数据流转流程 第一步安装anaconda3 mkdir src #新建SRC文件夹 cd src #进入SRC文件夹~/src$ wget-c https://mirrors.tuna.tsinghua....
下游Chip-seq数据分析 1.Y叔的R包学习——注释 参考y叔的ChIP-seq数据分析大礼包 示例: library(ChIPseeker) library(ggplot2) library(dplyr) library(org.Hs.eg.db) require(ChIPseeker) f 4]]#.bed文件,这里用包里的测试数据 require(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) ...
ChIP-seq数据分析(一) 【摘要】染色质免疫共沉淀—测序(Chromatin Immunoprecipitation followed by Sequencing,ChIP-Seq)这项技术,相对于以前的测序方法,他的优点是可以在短时间内产生海量的生物信息数据。 染色质免疫共沉淀—测序(Chromatin Immunoprecipitation followed by Sequencing,ChIP-Seq)这项技术,相对于以前的...
互相关分析 初始质量控制和ChIP-seq数据对齐应该像任何高通量测序数据一样进行。在比对之后,可以采用一种额外的评估策略,利用对位于IP抗体识别的结构上的DNA片段簇的两端进行测序所预期的读码分布。注意:这主要是为了说明的目的,不太可能例行地执行。事实上,mac峰值调用程序就...