使用Homer进行motif分析需要先安装下载对应的基因组,安装基因组需要用到configureHomer.pl。 如果是conda安装的homer,该脚本位于~/anaconda3/pkgs/homer-***/bin文件夹下,可使用which homer进行查找。使用的参考基因组是人的hg38版本: perl configureHomer.pl -install hg38 findMotifsGenome.pl命令用于在基因组区域中...
Website: https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/ Github: https://github.com/hbctraining/Intro-to-ChIPseq 接上游分析结果,这次我们继续探索下游流程。 上游分析:https://mp.weixin.qq.com/s/0KOk_ij29xrqdQzNaeVVvA 代码语言:javascript 复制 $ tree.|--Nanog-rep1-macs2.log|--Nanog-rep...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
Option 2:使用安捷伦的Bioanalyzer 2100生物分析仪 (配套试剂品名: Agilent High Sensitivity DNA Kit,品牌:Agilent,货号:G2938-90322) Option 3:使用Qsep 100毛细管电泳仪来做文库质控。 三、提供构建好的DNA文库,请商业化二代测序公司对文库进行测序,生信分析和作图。 ChIP-seq生物信息学分析流程一览图 Illumina二...
这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块,但是都只是介绍了常规的分析流程。因此,在面对具体课题的下游分析时,仍需要根据自己想要探究的问题进行个性化的分析。 一、介绍 具体的实验方法与流程抽空单独写一节 二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上...
其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR扩增及DNA产物片段大小选择（一般为100-300bp，包括接头序列在内）。服务内容及说明 适用场景 TF ChIP-seq适用场景：1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，进一步分析结合位点的保守motif；2、确定转录因子调控的下游...
去除染色质交联之后,使用典型的酚-氯仿及随后的乙醇沉淀方法或使用 DNA纯化柱试剂盒来进行DNA纯化。一旦完成了 DNA 纯化,便可进行多种下游分析,包括ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。 三、ChIP实验重点实验细节 1、交联 内源状态下,蛋白和DNA的结合多数是动态的,交联能实现捕获特定时间内蛋白和DNA结合的情况。交联...