CHIP-seq技术实验流程包括甲醛交联、DNA打断、添加特异抗体形成免疫结合复合体、去交联纯化DNA、测序及数据分析。
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
二:chip-seq的操作流程(粗略): (1)交联:通过添加交联剂将蛋白质与染色质中的DNA交联在一起,固定它们的相互作用状态。 (2)细胞核提取:提取细胞核,然后细胞核膜被打破,释放核内的染色质。 (3)染色质免疫沉淀:使用特异性抗体结合到目标蛋白质上,然后通过蛋白质A/G磁珠等手段将蛋白质-染色质复合物沉淀。 (4)...
第一种scChIP-seq方法scDrop ChIP使用微流体系统进行细胞标记,并结合常规ChIP方法生成在每个细胞中产生约800个不重复(non-duplicated)reads。液滴微流控(droplet microfluidic)技术提供了更高的分辨率,每个细胞产生约10000个不重复reads。这些方法的局限性在于大多数实验室通常不使用专用的微流控装置。 (2)基于标记的方...
Chip-seq上游分析流程学习(二) 本次分析步骤包括:环境部署——数据下载——查看数据(非过滤)——数据质控清洗——数据比对 分析步骤 1.数据质控清洗: fastp质控清洗 代码语言:javascript 复制 # 由于笔者这里存储的有点乱,所以会比较复杂 # 使用者在自行使用的时候,如果觉得设置路径很麻烦就把文件全放一个文件夹...
Chip-seq上游分析流程学习(四) 本次分析步骤包括:环境部署——数据下载——查看数据(非过滤)——数据质控清洗——数据比对——去除pcr重复——peaks calling——可视化 IGV可视化 首先确定基因组,如果需要研究其他物种的则需要自行下载 从File列表中load from File...
第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质样品一起孵育,使抗体与目标蛋白质结合。这一步骤的目的是选择性地富集与特定蛋...
Chip-seq技术的流程包括以下步骤: 1. 样品制备 样品制备是Chip-seq实验的第一步。样品可以是细胞、组织或DNA-protein复合物。样品制备的关键是保持样品的完整性和质量。对于细胞和组织样品,需要进行细胞裂解和核提取;对于DNA-protein复合物,需要进行交联和裂解。 2. 免疫共沉淀 免疫共沉淀是Chip-seq实验的核心步骤...
### CHIP-seq实验流程 CHIP-seq实验可以分析特定蛋白质结合的基因位点,从而探究蛋白质与基因表达的关系。以下是CHIP-seq实验的详细步骤:1️⃣ 交联:使用交联剂将蛋白质与其结合的DNA紧密结合。交联是非特异性的,所以所有与DNA结合的蛋白质都会紧密结合。2️⃣ DNA片段化:将长片段的DNA打成小片段(约200bp)...
首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式: 1). peaks中reads的数量,如果peaks的reads普遍较少,则质量一般。