染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
Chip-seq技术的流程包括以下步骤: 1. 样品制备 样品制备是Chip-seq实验的第一步。样品可以是细胞、组织或DNA-protein复合物。样品制备的关键是保持样品的完整性和质量。对于细胞和组织样品,需要进行细胞裂解和核提取;对于DNA-protein复合物,需要进行交联和裂解。 2. 免疫共沉淀 免疫共沉淀是Chip-seq实验的核心步骤...
第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质样品一起孵育,使抗体与目标蛋白质结合。这一步骤的目的是选择性地富集与特定蛋...
Chip-seq建库流程 ChIP Sequencing 文库构建流程: 用qubit 对ChIP片段进行定量检测 补齐片段末端,并在3’末端加A尾 添加Adapter 0.8X AMPure beads去掉多余的Adapter 文库PCR扩增 1XAMPure beads 去掉多余的primer qPCR测定文库浓度 Agilent 2100测定文库片段大小 如何才能得到一个好的Chip结果? ChIP-seq是一种结合免...
一、Chip-seq分析流程 二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载: 以二穗短柄草为例: https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon# ...
首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式: 1). peaks中reads的数量,如果peaks的reads普遍较少,则质量一般。 2). peaks信号高,背景低。 3). 测序深度深 。 4...
ChIP-seq是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的技术,其基本流程包括以下步骤: 1.细胞固定与染色质断裂 细胞培养:在适当的条件下培养细胞,使其处于所需的生理状态。 细胞固定:使用化学试剂(如甲醛)将细胞固定,以保持蛋白质与DNA的相互作用。 染色质断裂:通过超声破碎或酶消化等方法将染色质断裂成小片段,以便后续的免...
组学分析之ChIP-Seq,蛋白质修饰。这里是佳奥,我们进入新一篇章的学习! 首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程: sra-tools:下载测序数据 fastqc,multiqc,trim_galore 测序数据的质量控制 bowtie,bowtie2,bwa 比对到参考基因组 MACS2,homer 找到IP的结合位点,坐标bed文件 ...
首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式: 1). peaks中reads的数量,如果peaks的reads普遍较少,则质量一般。 2). peaks信号高,背景低。 3). 测序深度深 。 4...