将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
在ChIP-seq实验中，通常倾向于采用单端reads，因为ChIP-seq产生的DNA片段长度通常在200-600碱基对之间，这一长度相较于转录组测序所使用的片段要短得多。尽管在2015年之前，测序技术主要局限于短读长（最多36个碱基），但近年的技术进步已能支持长达100个碱基对的读长。至于ChIP-seq分析所需的读取次数，则因靶标...
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也...
工作流程 ChIP-Seq 的工作流程包括ChIP(染色质免疫沉淀)和Sequencing(测序)两部分: ChIP 交联(Cross-linking):首先,通过添加甲醛等交联剂,将细胞中的蛋白质与 DNA 交联在一起,形成稳定的蛋白质-DNA 复合物。 染色质切割(Chromatin Fragmentation):然后,将染色质切割成较小的片段,通常在 500 碱基对以下,以便后续的...
Chip-seq上游分析流程学习(二) 本次分析步骤包括:环境部署——数据下载——查看数据(非过滤)——数据质控清洗——数据比对 分析步骤 1.数据质控清洗: fastp质控清洗 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 由于笔者这里存储的有点乱,所以会比较复杂...
首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式: 1). peaks中reads的数量,如果peaks的reads普遍较少,则质量一般。 2). peaks信号高,背景低。 3). 测序深度深 。 4...
去除染色质交联之后,使用典型的酚-氯仿及随后的乙醇沉淀方法或使用 DNA纯化柱试剂盒来进行DNA纯化。一旦完成了 DNA 纯化,便可进行多种下游分析,包括ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。 三、ChIP实验重点实验细节 1、交联 内源状态下,蛋白和DNA的结合多数是动态的,交联能实现捕获特定时间内蛋白和DNA结合的情况。交联...
再谈谈 ChIP-seq 实验原理。其核心是在生物体内环境下，凭借免疫沉淀的方法，把与目标蛋白相结合的 DNA 片段富集起来，接着结合高通量测序技术，以此分析全基因组范围内蛋白与 DNA 的结合位点。具体操作流程包含：首先，利用甲醛固定细胞，使得蛋白 - DNA 复合物交联；随后，破碎细胞，再通过超声将染色质断裂成 DNA ...
ChIP-seq的原理+流程: 1、Crosslinking:使用甲醛将目标蛋白与染色质交联固定起来(细胞具有通透性,生理状态下,转录因子和DNA的结合不稳定,所以需要用甲醛处理稳定结合,防止在后续打断DNA时lose binding。如果是研究核小体的位置和组蛋白修饰的位置,Histone的结合本身很稳定,可以免去Crosslinking这一步); ...
### CHIP-seq实验流程 CHIP-seq实验可以分析特定蛋白质结合的基因位点,从而探究蛋白质与基因表达的关系。以下是CHIP-seq实验的详细步骤:1️⃣ 交联:使用交联剂将蛋白质与其结合的DNA紧密结合。交联是非特异性的,所以所有与DNA结合的蛋白质都会紧密结合。2️⃣ DNA片段化:将长片段的DNA打成小片段(约200bp)...