Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本，以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。提示：在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管，因为阴性对照...
Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用1%的比例,在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本,以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。 提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必...
超声破碎过程中DNA的断裂不随机的,尤其是开放染色质区域,在超声样本中优先积累,已发表文章结果表明未经过IP的样本超声破碎后会产生数量不小的peaks;同时IP过程中会发生非特异性结合的情况,Input对照可以协助排除IP结果中的假阳性peaks。...
超声破碎过程中DNA的断裂不随机的,尤其是开放染色质区域,在超声样本中优先积累,已发表文章结果表明未经过IP的样本超声破碎后会产生数量不小的peaks;同时IP过程中会发生非特异性结合的情况,Input对照可以协助排除IP结果中的假阳性peaks。关于阴性对照:由于非特异性结合,IgG原则上不能结合任何蛋白;若IgG作为阴性对照,其带...
Input DNA:不用任何抗体捕获的DNA(破碎产物直接解交联,纯化的DNA); Mock IP DNA:用同种系的IgG抗体拉下来的DNA 这样一来,就可以大大提高峰的质量 但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于...
Input DNA:不用任何抗体捕获的DNA(破碎产物直接解交联,纯化的DNA); Mock IP DNA:用同种系的IgG抗体拉下来的DNA 这样一来,就可以大大提高峰的质量 但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果: 比如免疫共沉淀中抗体的特异...
No!一般不建议用IgG产物作为ChIP-seq的对照,原因如下: 大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背景噪音的目的。Input可以很好的避免上述问题,起到去除背景噪音的作用。此外通过IP与input比较可以验证染色质...
（1）InputDNA组：超声使染色质断裂后，得到未进行IP且经解交联的DNA。InputDNA是检查ChIP实验效率的参照，所以InputDNA对照是必须要设置的。（2）阴性对照组：一般将IgG设置为阴性对照，即在ChIP样本中加入IgG抗体。（3）阳性对照组：阳性对照一般使用已知与DNA序列结合且保守的蛋白抗体，例如H3组蛋白抗体或RNApolII...
对于这两种类型的对照,编码组序列的深度至少等于且优选大于ChIP样本的深度。虽然IgG对照比“Input”对照更接近于模拟ChIP实验,但重要的是,IgG对照免疫沉淀可恢复足够的DNA,以建立一个与实验样品具有足够高复杂性的文库;否则,使用该对照进行的结合位点识别可能会有很大偏差。
也可以用IgG或其他非靶标抗体代替目的抗体，做对照。（下图右侧，少数情况也被写为Input，大多数时候注明...