虽然IgG对照比“Input”对照更接近于模拟ChIP实验,但重要的是,IgG对照免疫沉淀可恢复足够的DNA,以建立一个与实验样品具有足够高复杂性的文库;否则,使用该对照进行的结合位点识别可能会有很大偏差。 无论使用何种类型的对照,ENCODE和modENCODE组都会对每个细胞系,发育阶段和不同的培养条件/处理进行单独的对照实验,因为影...
虽然IgG对照比“Input”对照更接近于模拟ChIP实验,但重要的是,IgG对照免疫沉淀可恢复足够的DNA,以建立一个与实验样品具有足够高复杂性的文库;否则,使用该对照进行的结合位点识别可能会有很大偏差。 无论使用何种类型的对照,ENCODE和modENCODE组都会对每个细胞系,发育阶段和不同的培养条件/处理进行单独的对照实验,因为影...
虽然IgG对照比“Input”对照更接近于模拟ChIP实验,但重要的是,IgG对照免疫沉淀可恢复足够的DNA,以建立一个与实验样品具有足够高复杂性的文库;否则,使用该对照进行的结合位点识别可能会有很大偏差。 无论使用何种类型的对照,ENCODE和modENCODE组都会对每个细胞系,发育阶段和不同的培养条件/处理进行单独的对照实验,因为影...
虽然IgG对照比“Input”对照更接近于模拟ChIP实验,但重要的是,IgG对照免疫沉淀可恢复足够的DNA,以建立一个与实验样品具有足够高复杂性的文库;否则,使用该对照进行的结合位点识别可能会有很大偏差。 无论使用何种类型的对照,ENCODE和modENCODE组都会对每个细胞系,发育阶段和不同的培养条件/处理进行单独的对照实验,因为影...
超声破碎过程中DNA的断裂不随机的,尤其是开放染色质区域,在超声样本中优先积累,已发表文章结果表明未经过IP的样本超声破碎后会产生数量不小的peaks;同时IP过程中会发生非特异性结合的情况,Input对照可以协助排除IP结果中的假阳性peaks。关于阴性对照:由于非特异性结合,IgG原则上不能结合任何蛋白;若IgG作为阴性对照,其带...
有两种产生对照DNA样本的基本方法减轻了这些问题对结合位点鉴定的影响:(1)从与免疫沉淀DNA相同条件下交联和片段化的细胞中分离DNA (“Input” DNA);(2)使用与不相关的非核抗原(“IgG”对照)反应的对照抗体进行“模拟”ChIP反应。对于这两种类型的对照,编码组序列的深度至少等于且优选大于ChIP样本的深度。虽然IgG...
超声破碎过程中DNA的断裂不随机的,尤其是开放染色质区域,在超声样本中优先积累,已发表文章结果表明未经过IP的样本超声破碎后会产生数量不小的peaks;同时IP过程中会发生非特异性结合的情况,Input对照可以协助排除IP结果中的假阳性peaks。...
大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。 IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背景噪音的目的。 Input可以很好的避免上述问题,起到去除背景噪音的作用。此外通过IP与input比较可以验证染色质断裂效果。小编今天要分享的内容就这么多,都get了吗...
对于这两种类型的对照,编码组序列的深度至少等于且优选大于ChIP样本的深度。虽然IgG对照比“Input”对照更接近于模拟ChIP实验,但重要的是,IgG对照免疫沉淀可恢复足够的DNA,以建立一个与实验样品具有足够高复杂性的文库;否则,使用该对照进行的结合位点识别可能会有很大偏差。
2)阴性对照:用普通的IgG做为抗体,理论上不会ChIP下来任何DNA片段,因此作为阴性对照,但是由于非特异结合,或者实验过程中,没发生结合的DNA清除不完全,可能也会出现条带。目前,做ChIP-seq,其阴性对照组不会做后续高通量测序,一般Qbit检测不到DNA浓度即判断为阴性对照结果良好。