转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
macsPeaks_GR 3. 基因注释 由于转录因子,如名称所示,可能调节其靶基因的转录,我们使用 ChIPseeker 包将代表潜在转录因子结合事件的峰与其重叠或最接近的 mm10 基因相关联。 代码语言:javascript 复制 library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(ChIPseeker)peakAnno<-annotatePeak(macsPeaks_GR,tssRegion=c(-...
peak=GenomicRanges::GRangesList(WG1=readPeakFile("8WG16-1.sorted.bam_peaks.narrowPeak"),WG2=readPeakFile("8WG16-2.sorted.bam_peaks.narrowPeak"))#(先指定的在右侧,这个比较奇怪,所以以后还是要改成2号在前) 使用ChIPseeker包中的readPeakFile函数将bed文件读入到R,并存储为GRanges对象 covplot(peak,...
在ChIP-Seq（染色质免疫沉淀测序）技术中，"peak"指的是基因组上的特定区域，这些区域富含由ChIP实验所...
将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落脚到基因的功能上来,那么在文章里你就会看到这样的图: 还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的...
#读取chipseq峰的bed文件 peak <- readPeakFile('ChIP-seq.bed') #注释,TSS的范围可自定义 peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c(-3000, 3000), TxDb = spompe) #输出结果 write.table(peakAnno, file = 'peak.txt',sep = '\t', quote = FALSE, row.names = FALSE) ...
ChIP-seq分析进入尾声。 在文件目录复制R Project文件,直接打卡R即可定位到该文件夹,不用翻文件了。 QQ截图20220813191310.png 我们现在需要的是peaks目录下的.bed文件。(软件安装部分详见https://www.jianshu.com/p/be9f7b52d042) 结果的注释用的是Y叔的Chipseeker包。
9. chip-seq2(查看peak、motif、peak注释)是【推荐课程】生物信息学【实战分析】的第9集视频,该合集共计20集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...