ChIP），seq 指的是二代测序，那么ChIP-seq实际上也就是染色质免疫共沉淀+二代测序的一个过程。ChIP...
chip-seq是染色质免疫共沉淀-测序, 被用于分析蛋白质与DNA的交互作用,该技术将染色质免疫沉淀(ChIP)与大规模并行DNA测序结合起来以鉴定与DNA相关蛋白的结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点, 如下图是chip-seq的一般实验流程 教程 大纲 测序数据的预处理 比对(mapping)到基因组 比对上...
现阶段有多个公共数据库可用于下载组蛋白修饰的ChIP-seq数据: 近期发表的人内皮细胞表观基因组数据库,包含424种组蛋白修饰的ChIP-seq和RNA测序(RNA-seq)数据集,这些数据集是从人体的9种血管中获得的[13]。该数据库包括各种数据类型(例如reads,映射文件,bigwig文件和峰列表),适合作为ChIP-seq分析教程数据。 4.关...
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下 网址如下 h...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
ChIP-seq数据分析学习笔记 因为有朋友看了这两天发的笔记。私信我说有些看不出来,为什么一个搞生物的要做数据分析。所以我决定打乱一下进程,先将后面的在生物领域的应用分享给大家。 我就以SRA数据库中一个癌细胞的ChIP-seq数据做展示。 ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对...
ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对于ChIP-seq数据的分析主要应用到包GAlignments,这个包要调用python下的Bioconductor 至于怎么用这个包将Raw数据转化成可以操作的read我在今后会分享给大家,如果感兴趣的也可以一些生物信息学论坛找人交流。
ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对于ChIP-seq数据的分析主要应用到包GAlignments,这个包要调用python下的Bioconductor 至于怎么用这个包将Raw数据转化成可以操作的read我在今后会分享给大家,如果感兴趣的也可以一些生物信息学论坛找人交流。
这是世界上最全的ChIP-seq数据库了。 今天介绍一个类似的数据库factorbook,不是脸书,是因子书~ 虽然不如CistromeMap收录的那么齐全,它也有自己独特的地方,那就是分类浏览TF。您可以选择您关注的功能或结构类型,看看这一类型的TF在哪些细胞里有ChIP-seq数据。同时它还整合了组蛋白修饰数据和核小体定位数据,查看该...
GTRD——基因转录调控数据库,是由人类和小鼠的ChIP-seq实验识别的转录因子结合位点(TFBS)的数据库。原始ChIP-seq的数据从ENCODE和SRA获得并进行统一处理:(i)使用Bowtie2比对; (ii)使用峰值探测软件MACS,SI***,GEM和PICS得到ChIP-seq峰值; (iii)相同的因子和软件,但不同的实验条件(细胞系,治疗等)得到的峰值被...