以下是ChIP-seq的建库方法: 1.样本准备:首先,需要准备待检测的细胞样本,并将其进行处理,以使蛋白质与DNA分离。 2.染色质免疫沉淀:使用特定的抗体对目标蛋白质进行免疫沉淀,同时将DNA与蛋白质分离。 3.文库构建:将纯化的DNA片段进行末端修复、加尾和连接接头等操作,构建成可用于测序的文库。 4.测序:将构建好的...
此外,染色质免疫沉淀(ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、G...
(A) 11个ENCODE ChIP-seq数据集,使用Peak-seq(0.01%FDR截止值)calling的peaks数。 (B) peaks calling和唯一比对reads数之间的关系,为11个ChIP-seq数据集calling peaks数。插图为HepG2细胞的MAFK数据集的peaks数据,该数据集是目前测序最深的ENCODE ChIP-seq数据集(由于相对于其他数据集的reads明显较大,因此单独显...
1.ChIP-Seq 1) 实验原理 甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600 bp范围内,再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,纯化之后进行文库的构建并测序。 2)实验流程 图1. ChIP-Seq实验流程 3)实验难点 » 时间长,一次实验需要2~...
热门ChIP-seq建库Kit 数据质量比较 通过同批样本的两个建库流程比较,微量ChIP-seq建库在Q30比例及比对到参考基因组上的比例均能达到90%以上。ENCODE数据中《ChIP-seq质量评估指南》要求达到的标准为:NRF>0.9,PBC1≥0.9,PBC2≥10。Peak是检出数量比常规ChIP-seq更多一些,完全符合ChIP-seq后续信息分析要求。
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。
高通量测序：准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库，质检及测序。图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。04ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍，那么介绍完这个实验之后，这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外，还可以...
ChIP-seq将ChIP技术与二代测序相结合,将ChIP下来的DNA进行二代测序文库构建,能够获取全基因组范围内组蛋白DNA及染色质修饰等DNA区段信息。 图2:ChIP-seq 流程 ✦ChIP-seq原理: 将通过ChIP特异性收集到的与目的蛋白结合的DNA片段进行纯化与文库构建,ChIP-seq继承了ChIP的技术难点,需要先用甲醛将与DNA互作的蛋白固...
此节内容为Chip-seq基本流程介绍,包括 实验流程 建库流程 分析流程 2. 数据结果及生物信息分析 2.1. ChIP Sequencing 文库质检结果 文库片段质检,ChIP文库的染色质片段在100-500bp之间,建库加入约140bp的接头后,片段应该分布在250-700bp之间为最好。 Fragment Analyzer (FA)毛细管电泳检测: ...