染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
Genrich介绍 Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质...
此外,scChIP-seq差异分析鉴定Ramos和Jurkat细胞特有的激活和抑制染色质特征。聚焦于转录起始位点(TSSs)周围累积的H3K4me3,其结果表明鉴定出的一致的谱系特异性基因组群,在每个细胞系特有的染色质特征中富集。 这些结果表明,scChIP-seq是一种在单细胞水平检测染色质特征,根据其染色质景观对单细胞进行高精度分类以及识别...
ChIP-seq峰也可用于功能富集分析。该分析将附近的基因二元标记或定量排名为潜在靶标,并按基因本体或KEGG途径对它们进行分组。 12染色质状态注释 染色质状态注释,也称为半自动基因组注释(SAGA),使用无监督机器学习方法,通过特征表观基因组模式对所有基因组区域进行分类,例如启动子...
此外,还可以使用卷积神经网络(convolutional neural networks ,CNN)来预测基因表达或差异基因调控模式。将多个组蛋白修饰ChIP-seq数据和HiChIP数据相比,由于制备单个RNA-seq样品需要相对较低的成本,研究主要目的是阐明组蛋白修饰在基因调控中的组合作用,而不是预测基因表达水平本身。 (2)从表观基因组数据预测染色质互作 ...
简单地说,这是一款寻找两个ChIP-Seq样本之间差异peak的软件。一般ChIP的流程中,若是单一处理的细胞系,那么callpeak之后可能会做binding motif的分析或是peak相关gene的功能分析等;但若是两种处理的细胞系(比如饥饿组和对照组),我们肯定想要知道两种处理下,组蛋白修饰的差异,类似于RNA-Seq中差异表达基因的分析,所以这...
对于人类基因组来说,外显子区域大概占到基因组的1%,大概在30M左右。一般全外显子测序的测序深度 为50X~200X,具体深度依研究目的而定,其个体之间的变异小(在VCF文件上记录着少许差异,一点点)。 转录组测序(RNA-seq): 首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA...
着丝粒序列通过串联重复存在大量的拷贝,如卫星DNA和反转录转座子,在不同的物种中,甚至亲缘关系相近的生物体中,都会存在着很大的差异,其高度保守的功能与其表观遗传特征有关,比如植物中的组蛋白H3变异CENH3,Guo等人(2016)利用CENH3特异性抗体进行ChIP-s...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因...
(5)NRF1是直接调控PGC形成、线粒体代谢和细胞增殖的关键基因 图5:NRF1调控转录网络,诱导PSCs分化为PGC样细胞(PGCLC) (A) RNA-seq分析中差异表达基因的Venn图,Log2倍数变化>0.58,p<0.05。 (B) 有或无NRF1过表达(OE)的BV+PGCLC的RNA-seq分析检测到的基因火山图。