因此，Chip和Chip-seq的主要区别在于Chip-seq结合了高通量测序技术，可以对整个基因组进行分析，而不仅仅是特定DNA序列的富集。这使得Chip-seq成为研究基因调控和染色质修饰的强大工具。
但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效...
一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录…
ChIP-seq样品的质量检查(QC)对于判断测序数据是否高质量并适合进一步分析至关重要。这里列举几个重要的指标: •映射比率 •读取深度(非冗余映射读取数) •库复杂性(非冗余读取的比例) •归一化链系数(NSC,由SSP获得),尖锐和宽标记的S/ N指标(幻点角只能计算尖锐标记...
一、介绍 ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法 作用...
1 ChIP-seq 染色质免疫共沉淀 (Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。简单原理:首先通过染色质免疫...
ChIP-Seq的优势:1.具有碱基层面的分辨率;2.不会有ChIP-chip中由DNA片段杂交导致的噪音,GC含量、片段长度、片段浓度以及耳机结构都会对杂交造成影响;3.ChIP-chip中的微阵列信号不是线性增长的,其所测量的范围有限。4.由于在设计array时,探针的数量、种类有限,当coverage比较高的时候无法准确...