参数说明:-p为线程数;-b1为ip;-b2为input;--skipNA是跳过bin中没有覆盖的部分; --scaleFactorsMethod是选择缩放样本的方法,可选参数为:readCount/SES/ None; --operation默认情况下输出两个示例的log2比率,此脚本选用subtract为做差值;--outFileFormat设置输出文件格式,可选bigwig及bedgraph;-o为输出设置; --...
在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要明确Chip-seq分析的目的以及所需的数据和工具。Chip-seq是一种用于研究染色质上与蛋白质结合的区域的技术,通过该技术可以对转录因子、组蛋白修饰等进行定位和研究。本文将介绍基本的Chip-seq数据分析流程,并提供相应的代码。 Chip-seq分析流程 下面是Chip-seq数据分析的整体流程,具...
cd/mnt/f/Data/chip_seq/datafor((i=204;i<=209;i++));doascp-QT-v-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620${i}/SRR620${i}.sra.;done ls -lh *sra -rwxrwxrwx 1 r...
H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIPG和GBM特有的基因调控网络,然后通过调控网络来发现和预测新的疾病标志物和潜在的治疗靶点。 实验流程 image.png 使用...
CHIPseq流程 1. 环境配置 #!/bin/bash wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/...
ChIP-Seq分析和作⽤ 1：ChIP-Seq数据是基因组特异性富集的序列的测序结果，包括组蛋⽩修饰ChIP-Seq(H3K4me3/启动⼦相关/narrowpeak、H3K4me1/增强⼦相关/narrowpeak、H3K27ac/增强⼦相关/broadpeak)、转录因⼦ChIP-Seq(CTCF/绝缘⼦相关/narrowpeak、pol II/转录起 始/narrowpeak)、DNA富集序列(DNase-...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》和《ATAC-seq数据分析》就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq数据分析流程!