在有 peak 富集的区域选择 DNA 序列用来设计阳性对照的引物。对于你感兴趣的结合位点,可以先定位到基因,再根据 ChIP-Seq 的数据选择有 peak 富集的区域。 获取DNA 序列 获得DNA 序列了,就可以进一步利用 Primer 5 等软件进行 qPCR 引物的设计,用 Blast 检验引物...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,这样设计出来的引物才能符合ChIP-qPCR。
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析，设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。二、引物设计 2...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
详细检测方法可参考文末《往期精彩内容》文章“如何判断ChIP实验是否成功?”及“手把手教您设计ChIP-qPCR引物”。 什么珠子最适合免疫沉淀? 在进行免疫沉淀后,通常通过与结合蛋白A或蛋白G的珠子一起孵育来分离用抗体靶向的蛋白质-染色质复合物。不同类型的珠子都可以使用。
在实验设计时,实验组Treated和对照组Control最低限度要各设置一组,每组的最低数量是3个生物学重复。再根据实验组不同的药物浓度或是不同的处理时间可以设置不同梯度的多个实验组Treated。 样本内对照(Input管、IgG管、Anti-target管) 在做ChIP-qPCR实验中,同一个样本需要分成3份(Input管,IgG管,Anti-target antibo...
产品参数 Chip qpCR定位设计: 1).查找该基因的启动子区域; 2).客户指定设计区段,或者设计位点,我们设计qpCR引物; 3).合成引物,在基因组DNA上验证,提供客户相应的引物;产品咨询:sales@biotnt.com BioTNT订阅号: ELISA、蛋白芯片、荧光定量PCR、PCR ARRAY--BioTNT 科研好助手 首页 | 关于BioTNT | 联系...
DNA纯化柱试剂盒来进行DNA纯化。一旦完成了 DNA 纯化，便可进行多种下游分析，包括ChIP-qPCR、ChIP-...
超声时需要将细胞或细胞核重新悬浮在裂解缓冲液中,选择合适的超声条件去确保染色质被打断到200-1000bp的范围,通常情况下如果DNA片段太大,一方面会影响IP效率,更重要的是会影响ChIP的分辨率;如果DNA片段太小,虽然理论上能得到更高的分辨率,但也会影响后续的qPCR和建库。 另外,除超声仪外,样品制备本身也有三个因素会...