qPCR数据分析 在完成IP实验以及引物设计合成后,就可以进行qPCR实验啦。对每个样本(单个样本通常需要做3个技术重复)的Input、IP、IgG-DNA进行qPCR实验,统计每个复孔的CT值,随后利用2-△△CT法进行富集倍率的计算。 计算公式如下: ΔCt [normalized ChIP] = (Ct [ChIP] - (Ct [Input] -Log2 (Input Dilution ...
在做ChIP-qPCR实验中，同一个样本需要分成3份（Input管，IgG管，Anti-target antibody管），准确说是4份，因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析...
在做ChIP-qPCR实验中,同一个样本需要分成3份(Input管,IgG管,Anti-target antibody管),准确说是4份,因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用1%的比例,在下游荧光定量PCR数据分析时需要把...
作为一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术，ChIP可以完整真实地反映细胞中特定蛋白与DNA的结合关系，它通过多种蛋白质组学和分子生物学方法，包括交联、细胞裂解（蛋白质-DNA提取）、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收，将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA，同时结合qPCR（ChIP-qPCR）可用...
在做ChIP-qPCR实验中,同一个样本需要分成3份(Input管,IgG管,Anti-target antibody管),准确说是4份,因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用1%的比例,在下游荧光定量PCR数据分析时需要把...
CUT&Tag Pro试剂盒(Vazyme #TD904)在不同细胞投入量的293细胞中对组蛋白H3K4me3体系进行了CUT&Tag-qPCR实验,本试剂盒可兼容100 - 100,000细胞,在低细胞投入量下仍有良好表现。对于不同丰度的靶点我们也对多个目的基因设计了引物进行检测,相较于阴性对照IgG,实验组中目的基因均有显著富集。
第2步的作用是计算每个样品的富集倍数,也就是抗体拉下来的DNA的量,和input相比,百分比是多少;3-4步是指向对于阴性对照(IgG)来说,目标蛋白的抗体来下DNA是多少倍于IgG拉下来的背景值;5-6步是计算两个样品之间的比值的。 qPCR的结...
作为一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术,ChIP可以完整真实地反映细胞中特定蛋白与DNA的结合关系,它通过多种蛋白质组学和分子生物学方法,包括交联、细胞裂解(蛋白质-DNA提取)、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收,将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA,同时结合qPCR(ChIP-qPCR)可用于检测...
3️⃣ ChIP-qPCR片段200-700bp,ChIP-seq片段300bp左右最佳。📌 ChIP后检测技巧: 1️⃣ 每启动子至少设计3对引物,确保准确性。 2️⃣ IP组vs IgG组,显著富集意味着蛋白结合启动子。 3️⃣ qPCR计算方法: - △Ct [normalized ChIP] = (Ct ...
实验流程包括：首先，进行ChIP富集实验，包括甲醛交联、染色质提取、抗体富集和纯化；然后，设计引物，保证产物长度适中，如150bp，引物应具有高特异性；引物设计可参考seq结果、可视化软件、数据库或转录因子结合位点。在设计好引物后，进行qPCR实验。实验中需对Input、IP和IgG分别进行，使用2-△△CT法进行...