IP、IgG-DNA进行qPCR实验，统计每个复孔的CT值，随后利用2-△△CT法进行富集倍率的计算。
11.03 做了qPCR,竟然有了点结果,用标准曲线法和双△ct法算了,其中一个实验组相对于对照组有趋势,相对于IgG也富集了10倍左右。不过标准曲线的斜率没达到要求范围,明天再优化一下,虽然这个结果肯定是不能用了,但至少是我从无到有之后的又一点小小进步! 附:对于input的dilution factor一直感到困惑,到底是以用来做in...
1、输入对照Input:必须设置。 2、阴性对照IgG:ChIP-标准PCR或是ChIP-荧光定量PCR必须设置此对照,而在ChIP-sequence实验中一般无需设置。 Non-specific IgG 是从没有经过任何抗原免疫的动物得到的不识别任何靶标抗原的免疫球蛋白IgG,因此可以作为目的抗体的阴性对照。 注意:Non-specific IgG来源物种要和目的蛋白的抗体...
请教CHIP大神！跑CHIP的RT-QPCR 发现IgG组的ct值跟样品组差异不大，请问IgG可以稀释一下吗，降低非特异...
可以通过PCR产物琼脂糖凝胶电泳来检查引物的特异性,确保IgG对照组的条带微弱或没有,而IP和Input组的条带明亮。 二、实验过程分析 确保实验过程中严格按照操作规范进行,包括ChIP实验和qPCR实验的所有步骤。 注意实验中的对照组设置,如input组、阳性对照组、阴性对照组及实验组,以确保实验结果的准确性。 三、数据分析...
富集倍数是指,实验中我们一般取两个抗体进行免疫沉淀,目的蛋白特异性抗体和阴性对照抗体(一般选和特异性抗体同种属的IgG),将两个抗体获得的 DNA 样品 PCR 后的 Ct 值进行比较,得到的比值即为富集倍数。 这里注意啊～～富集效率,富集倍数,都只是一个“相对的结果”,没有固定或特定的数值!有的实验会将相对于 IgG...
最后我们会统一稀释到1ng/ul的浓度去跑qPCR,做qPCR定量的时候会得到三组样的CT值。最后我们是用% of input去作图的,如下当input为5%时: 那这里我们将这个模板也分享给大家,只要修改这三组的CT值就可以,自动出结果,自动出图: 如果我们input为2%,那万...
ChIP-qPCR 的设置 ChIP-qPCR 的计算 计算CHIP-qPCR 富集效率时,一般是以相对Input信号富集比例来呈现的,例如若做了单个2%Input,计算公式如下: 注:CT 值一般是指2-3次重复实验的平均CT值 而CST 一直推荐通过稀释不同比例的Input 来先建立qPCR 的标准曲线,标准曲线一般用来确定qPCR的反应效率。低扩增效率(小于90%...
将样本分为input组、抗体组和IgG组,进行CHIP操作,并提取DNA进行qPCR扩增。通过比较各组DNA的CT值,可以分析目标蛋白质与DNA的结合情况。 6.总结 CHIP引物设计是一个复杂而细致的过程,需要综合考虑多个因素。通过合理的引物设计,可以大大提高CHIP实验的准确性和可靠性。 希望本文能为你的CHIP引物设计提供有益的参考。
1、CHIP-SEQqpcr(2014-07-23 13:48:55)转载标签:股票CHIP,用Q-PCR方法进行定量分析i. Normalizeeach ChIP DNA fractions Ct value to the Input DNA fraction Ct valuefor the same qPCR Assay (Ct) to account forchromatin sample preparationdifferences.Ct normalized ChIP = (Ct ChIP - (Ct Input -Log...