ChIP-qPCR的富集实验与ChIP-seq实验一致。 1、首先是利用1%的甲醛对样本进行交联,以固定蛋白-DNA的结合状态; 2、随后对染色质进行提取和片段化(超声打断或酶切),此时取出一部分染色质(一般是2%Input),对DNA进行纯化,即为Input; 3、对部分染色质进行目标蛋白抗体的孵育与磁珠富集,解交联后纯化DNA,即为IP;同时,...
6、DNA定量ChIP的标志之一是通过qPCR定量纯化的DNA产物的能力。需要以解交联和纯化后2%的Input DNA（不...
因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,...
在该步骤中,通过qPCR定量纯化的DNA产物,通过qPCR,您可以确定目标蛋白是否存在于特定位点。 ChIP的qPCR如何定量分析 ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——...
一、Chip qPCR原理概述 Chip qPCR的原理基于聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR),PCR是一种通过DNA聚合酶扩增目标DNA的技术。而Chip qPCR则是在PCR基础上,结合了微流控芯片和光学检测技术,实现了高通量定量PCR分析。 二、Chip qPCR的关键步骤 1.样本制备 首先,需要从待分析的样本中提取目标DNA,并根据实验...
染色质免疫沉淀技术(ChIP)是在全基因组水平研究生命体组织或细胞内蛋白质与DNA相互作用的一种技术方法。CHIP又分为CHIP-qPCR(已知蛋白和靶序列)和CHIP-seq(已知蛋白和未知序列)。CHIP应用于检测与蛋白结合的DNA序列,常用于研究转录因子或组蛋白修饰。并且CHIP与其他方法的结合,扩大了其应用范围:CHIP与基因芯片相结合...
在该步骤中,通过qPCR定量纯化的DNA产物,通过qPCR,您可以确定目标蛋白是否存在于特定位点。 ChIP的qPCR如何定量分析 ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与in...
ChIP-qPCR是一种检测细胞内蛋白/DNA互作的靶向验证技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和qPCR检测技术,对目的蛋白在特定细胞/组织内的蛋白/DNA互作关系进行探究,验证蛋白/DNA的相互作用关系。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/DNA互作验证,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作差异研究。因此,该技术是研究...
在完成ChIP-seq分析后,我们通常会找到一些特别感兴趣的靶基因。🎯 为了进一步确认这些靶基因与转录因子或组蛋白修饰的结合状态,ChIP-qPCR就派上用场了!这个技术因为在体内环境下进行,所以能更真实地反映结合状态,受到很多科研工作者的喜爱。关于ChIP的定量,目前有两种主流方法:“双△CT法”和“双标准曲线法”。
ChIP-qPCR完美结合了ChIP技术和实时定量PCR技术。ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/组蛋白修饰结合的DNA片段;qPCR技术使用SYBR荧光染料,非特异性的掺入DNA双链,发射荧光,保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步,最后利用Ct值进行定量分析。ChIP-qPCR能够专一,灵敏,快速,高重复地定量生物样品中特定转录因子/...