1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: ChIP常规PCR后的电泳示例图片 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP荧光定量PCR结果示例 3、DNA微阵列芯片...
ChIP实验仅仅是从样本中免疫沉淀富集特定目的DNA片段的过程,必须衔接下游实验才能得出有价值的结果。最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录...
1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: ChIP下游常规PCR的电泳结果图 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP下游荧光定量PCR的结果图 3、DNA微...
图1 普通PCR 结果示意图 但是CST推荐使用实时PCR(qPCR)来分析CIP 结果,因为它是定量的。因此,此文主要讲的是ChIP-qPCR 的设置、计算与评价。 关于PCR 循环数 对于普通的PCR的单拷贝基因,我们建议使用大约30个PCR扩增循环; 对于多拷贝基因,如α卫星重复序列,我们建议使用大约20个PCR扩增循环,以确保PCR反应在线性扩...
二、ChIP-qPCR实验及结果计算: 最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需要测浓度,一般来说,转录因子...
图1 普通PCR 结果示意图 但是CST推荐使用实时PCR(qPCR)来分析CIP 结果,因为它是定量的。因此,此文主要讲的是ChIP-qPCR 的设置、计算与评价。 关于PCR 循环数 对于普通的PCR的单拷贝基因,我们建议使用大约30个PCR扩增循环; 对于多拷贝基因,如α卫星重复序列,我们建议使用大约20个PCR扩增循环,以确保PCR反应在线性扩...
二、ChIP后的WB怎么看？这个结果非常不错：从左往右共有10条泳道。最右边的泳道是Marker，标记蛋白分子...
如果用PCR来做的话,也同样可能在我们想看的位置看到条带,因为它有基因组上的所有位置。但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。
PCR结果计算 有两种ChIP完定量的计算方法: 1)双△CT法; 2)双标准曲线法。 双△CT法的特点 1. 双△CT法的一大特点是,当优化的体系已经建立后,在每次实验中无需再对看家基因和目的基因做标准曲线,而只需对待测样品分别进行PCR扩...
ChIP结果分析方法 ChIP实验的最后一步便是分析富集的DNA序列,研究人员通常通过PCR或NGS测序来研 究他们分离的DNA序列。如果你已经知道你感兴趣的基因,那么使用qPCR进行分析是一个很 好的选择。如果你想采取一种无偏差的方法,并需要确定基因组中转录因子或组蛋白修饰的 所有位点,NGS测序更适合一些。