最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: ChIP常规PCR后的电泳示例图片 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP荧光定量PCR...
ChIP实验仅仅是从样本中免疫沉淀富集特定目的DNA片段的过程,必须衔接下游实验才能得出有价值的结果。最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: ChIP下游常规PCR的电泳结果图 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特...
简要理解: 3C技术在固定裂解、IP富集模块和Hi-C技术基本一致。3C在固定裂解、IP富集模块比ChIP要多出一套处理复合物游离DNA端头并连接成环方便后续PCR检测的步骤,所以3C后续的PCR检测较ChIP而言都是成套对比进行的。 3C-qPCR结果展示可视化如下: Cell 2011 A:基因组坐标功能序列注释的排列下,不同注释区域A B C...
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用抗HA抗体和protein A琼脂糖珠免疫沉淀SARD1-HA和CBP60g-HA染色质复合物。使用免疫球蛋白G(IgG)平行进行阴性对照反应。采用WRKY70启动子特异性引物对免疫沉淀的DNA样品进行实时定量PCR检测。ChIP结果以折叠变化表示,将ChIP的信号与IgG对照分离,设为1。(c)WRKY70在上述基因型中的表达与ACTIN1归一化。
ChIP结果分析方法 ChIP实验的最后一步便是分析富集的DNA 序列,研究人员通常通过PCR或NGS测序来研究他们分离的DNA 序列。如果你已经知道你感兴趣的基因,那么使用qPCR 进行分析是一个很好的 选择。如果你想采取一种无偏差的方法,并需要确定基因组中转录因子或组蛋白修饰的所有位点,NGS测序更适合一些。 在高通量测序之前...
文库PCR扩增 1XAMPure beads 去掉多余的primer qPCR测定文库浓度 Agilent 2100测定文库片段大小 1.3. 生物信息分析流程 将测序结果与参考基因组比对,比对上唯一位置的序列用于后续标准信息分析及个性化分析。信息分析流程如下: 此节内容为Chip-seq基本流程介绍,包括 ...
实验结果分析与应用 · 通过对富集到的目标DNA序列进行qPCR分析,可定量评估转录因子或其他DNA结合蛋白与其识别序列的结合强度,进一步揭示基因调控网络和表观遗传机制。 · 实验数据的分析需考虑到实验的技术变异,包括PCR扩增效率的变异和样本处理过程中的损失。因此,实验设计中包含重复实验以及适当的负对照是必要的。
针对ChIP DNA, Input DNA及对照DNA的目的片段设计特异性引物并进行荧光定量PCR扩增。 6.结果分析 %Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100% Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)] 应用领域: • 判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型 ...