荧光定量PCR试剂盒 在进行ChIP-qPCR结果分析时,需要关注引物设计、实验过程以及数据分析等多个环节。以下是一个详细的分析指南: 一、引物设计验证 设计依据: 如果有参考文献提供的引物序列,优先使用这些已验证的引物。 如果没有可用的文献信息,可以利用已发表的ChIP-Seq数据来设计引物。选择通过质控指标的数据,并在UCS...
医学科研| CHIP检测结果,实验原理,PCR技术实操 1385 0 2023-07-25 17:40:00 未经作者授权,禁止转载 您当前的浏览器不支持 HTML5 播放器 请更换浏览器再试试哦~ 18 6 59 6 AI视频总结 测试版 记笔记 长按屏幕复制此段文字和链接, 在微信聊天窗口发送后打开 【免费领取】【PCR引物设计操作指南】请点击此链...
ChIP实验技术根据实验目的和后续分析手段的不同,可以分为多种类型。其中,ChIP-qPCR是最常见的分析手段之一,它通过定量PCR技术检测特定DNA序列的富集程度,从而评估转录因子或其他DNA结合蛋白的结合强度。此外,随着高通量测序技术的发展,ChIP-seq技术应运而生,它能够在全基因组范围内揭示蛋白质-DNA...
GO 功能富集以 padj 小于 0.05 作为为显著性富集的阈值,富集结果见结果文件。 从 GO 富集分析结果中,选取最显著的 20 个 Term 绘制柱状图进行展示,若不足 20 个,则绘制所有 Term ,按生物过程、细胞组分和分子功能三大类别及差异基因上下调分类画的柱状图。 有向无环图 (Directed Acyclic Graph,...
(1)去除duplication。由于PCR过度扩增,会导致同一个模板DNA在文库中出现多次,因此可能被多次测到,这种片段称为duplication。这些片段的存在不仅不会增加有用信息量,反而会导致后续统计产生偏差,因此需要去除。 (2)去除多重比对reads。多重比对reads指比对至基因组多于一个位置的reads,这些reads的存在可能影响统计结果的...
MS-PCR实验显示，沉默circRNA或TET1增加了LIG1启动子的DNA甲基化水平，而过表达则相反。这些表明circRNA通过影响LIG1启动子甲基化水平，进而影响FOXA1/TET1复合体靶向结合LIG1启动子的能力。荧光素酶报告基因实验表明，沉默circRNA、FOXA1或TET1降低了LIG1启动子的转录活性，而过表达则增强了其转录活性。这些实验进一步...
某k个bp的短序列在reads中大量出现。fastqc默认的k=5，可以通过-k -- kmers参数更改，范围是2-10。出现图一这种情况的原因要么是序列本身重复度高，比如建库PCR的时候出现了Bias。或者adapter没有除干净。clean之后前几个碱基还有少数高频也没关系，不影响后续分析，可正常使用。以上。可以看出我...
原理:甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600bp范围内。再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。最后,去交联并对纯化后DNA进行PCR扩增,高通量测序,最后与已有基因组序列进行比对,以确定 DNA与蛋白质结合的序列。
一般用anti-RNA polymerase II抗体,因为RNA polymerase II是通用转录因子,在所有细胞中都能结合基因的核心启动子区,因此理论上,ChIP后PCR会有条带。一般阳性对照不进行测序。 ChIP-seq基本名词解释(摘抄自网上): Peak(峰):由于超声打断的随机性,所以包含某个位的超声片段可能有多条,相互间起止点不同,这些片段被...