从选数据到下数据,花了大概整整两个星期,结果跑下游只花了一个星期不到,看来如果前期工作准备好,基础打扎实的话,完全不用在意代码会不会跑,会不会出错,而我们真正需要去留意的,往往是一开始的选数据环节,要分析什么?怎么分析?分析的内容有什么意义?有没有论文支撑?有没有同志已经做过相关分析?是开创性的分析...
一、技术贴|ChIP-seq技术简介 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺...
本期,易基因小编给您讲讲染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)实验怎么做,从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。 一、染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)技术原理 蛋白质与DNA相互识别是基因转录调控的关键,也是启动基因转录的前提。ChIP技术是在全基因组范围内检测DNA与蛋白质体内相...
本期,易基因小编给您讲讲染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)实验怎么做,从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。 01 染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)技术原理 蛋白质与DNA相互识别是基因转录调控的关键,也是启...
染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 ChIPseq 1.1. 实验处理 ChIPseq2 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。 添加 末端修复、A 尾和 Illumina adapters。
将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测...
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2020年03月,《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章,详细介绍了染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享: 一、介绍(Introduction)
一般情况下,分析得到差异显著的峰的个数随着reads数目的增加而以稳定的比例增加(图中实线所示),这种情况下reads的数目没有饱和。但是,当对Chip样品和Input DNA样品的峰之间的差异定义一个最小的富集阈值后,分析得到的新峰的比率逐渐减小(图中虚线所示),这时,当分析足够具有显著差异peaks数目的时候,结合位点数目的饱和...
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MAC