一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录…
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异p...
作者选择ABA作为诱导剂，研究胁迫下复杂的基因调控网络，ABA是一种发育和对渗透胁迫的反应所必需的重要植物激素。将染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）测定的21个ABA相关转录因子在单个时间点的差异结合（DB）与来自时间序列RNA测序（RNA-seq）数据集的差异表达基因相结合，作者分析了转录因子的DB与靶基因的差异表达（DE...
将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白,进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。理论上,只要抗体设计的好,与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。 我们一般用 ChIPseq 检测转录因子的结合,以及检测组蛋白修饰,二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特...
ChIP-seq 分析:原始数据质控(2) 1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 ChIPseq 1.1. 实验处理 ChIPseq2 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。
ChIP-Seq的优势:1.具有碱基层面的分辨率;2.不会有ChIP-chip中由DNA片段杂交导致的噪音,GC含量、片段长度、片段浓度以及耳机结构都会对杂交造成影响;3.ChIP-chip中的微阵列信号不是线性增长的,其所测量的范围有限。4.由于在设计array时,探针的数量、种类有限,当coverage比较高的时候无法准确...
ChIP-seq 分析:原始数据质控(2) 1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 1.1. 实验处理 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。
Motif（基序）分析：在ChIP-seq数据分析中，motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析，我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解，那么什么是motif呢？蛋白质发挥功能的基本单元是domain，是一种特殊的三维结构，不同结构的domain与其他分子特异结合从而发挥功能。与此类似，转录因子在与DNA序列结合时，其...
ChIP-seq技术 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片...
通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA 复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的 DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。Histone Chip-seq 一般与 ATAC-seq、RNA-seq 等一起联用。