wgMLST/cgMLST的聚类及最小生成树(Minimum Spanning Tree, MST)在微生物数据分析平台展现的结果如下(图例仅供参考) 微生物数据分析平台-cgMLST聚类分析结果 微生物数据分析平台-cgMLST最小生成树展示发布于 2021-06-11 15:56 推荐阅读 REGMIX: 作为语言模型预训练的回归数据配比 无影寺 · 发表于LLM(大模型) GPT...
是多位点序列分型(MLST)的一个拓展方法,与MLST只选择数个保守基因不同,cgMLST以大量菌株为基础的核心基因组作为序列分型标记.cgMLST技术以现有MLST数据为基础,在构建核心基因组和分型的过程中,一方面确保已有MLST管家基因存在于核心基因集合中,另一方面要将构建获得的最小生成树同已有数据进行比对,保证分型结果的一致...
(3)如何将线上分析结果转化为作图数据 课时14:使用Phyloviz软件绘制cgMLST最小生成树 (1)Phyloviz软件介绍 (2)Phyloviz数据准备 (3)Phyloviz操作步骤 课时15:使用GrapeTree软件绘制cgMLST最小生成树 (1)GrapeTree软件介绍 (2)GrapeTree软件数据准备 (3)GrapeTree软件操作步骤 课时16:cgMLST应用思路及案例分享 (1)cgMLST...
是多位点序列分型(MLST)的一个拓展方法,与MLST只选择数个保守基因不同,cgMLST以大量菌株为基础的核心基因组作为序列分型标记.cgMLST技术以现有MLST数据为基础,在构建核心基因组和分型的过程中,一方面确保已有MLST管家基因存在于核心基因集合中,另一方面要将构建获得的最小生成树同已有数据进行比对,保证分型结果的一致...
wgMLST、cgMLSt、MLST技术服务,MLST 是基于细菌核苷酸序列比对的一种分子分型方法,其原理是通过比较细菌个体7个或者更多管家基因的核苷酸序列的多态性,确定其基因多态性,同事通过划分序列群和构建最小生成树来揭示细菌群体遗传结构,上海西迈科技有限公司
在内置 GIS、epi-curve 和系统发育树(支持最小生成树算法等)功能的比较表中可视化地点、时间、“人”和型别等维度。所有维度视图都是相互链接的,并且可以导出可发表格式(SVG 和 EMF)的图表。 将树的着色、拓扑结构和选择的样本存储在比较表快照中。 搜索特定组的 SNP,例如,设计暴发菌株特异性 PCR 筛选试验。
图1是本发明中最小生成树的结构示意图。 图2是有效cgmlst靶基因及nakanomlst的管家基因在参考基因组上的分布图。 图3是基于cgmlst的hky模型进化树。 图4是基于cgmlst的gtr模型进化树。 图5是基于mlst的hky模型进化树。 图6是基于mlst的gtr模型进化树。
图8 不同分组样本的最小生成树 基因家族扩张和收缩(真菌精细图) 基因家族扩张和收缩分析可展现某个基因家族在一个或几个物种中基因数目呈现明显差异的现象(多指扩张,少指收缩)进而确定生物间表型差异背后的遗传变化情况。基因家族规模的变化对物种进化可能有利、有害或者中性,基因家族的数量变化是形成物种特异的重要原...