cfDNA(cell free DNA)指存在于人体血液循环中的、游离于细胞外的高度片段化DNA。在特定情况下(如肿瘤患者、孕妇、接受器官移植的患者等),一小部分来自“异源性”细胞的cfDNA(如肿瘤细胞、胎儿细胞、或供体细胞)可以作为基因检测的标志物。其中死亡的肿瘤细胞破裂后所释放出来的、片段化的基因组 DNA也称之为ctDNA(c...
循环游离DNA(cfDNA)是由细胞释放到血液中的降解的DNA分子。这些片段的长度在50到300个碱基对之间,通常在健康人的血液中以低浓度存在。然而,随着癌症和其他健康状况的发展,血液中cfDNA的水平普遍升高。为诊断和筛查目的从人类血液中分离出的各种类型的cfDNA包括循环肿瘤DNA、线粒体DNA和胎儿DNA。 大部分的cfDNA研究是建...
cfDNA中来源于肿瘤的部分比例可能低于1%,并且受泊松分布影响存在更多不确定性:10ng cfDNA(常规提取可获得的量)约等于3,000个基因组,所以每个位点的DNA分子数量大约为55个,对应的CNV检测下限约为2%。较长的基因更容易检测,因为多个不重叠位置的检测结果可以相互验证。然而,添加UMI的技术难点加剧了泊松统计带来的局限性...
对cfDNA样本的质控主要是评估提取得到的cfDNA的质量、浓度及纯度,有无基因组DNA的污染以及cfDNA样本的单核小体、双核小体和三核小体的分布等,使用cfDNA样本做NGS基因检测时,需要对多个环节进行质控以确保检测结果的可靠性。 图1:人血浆提取浓度及片段分析示意 凡知采用了控制变量法,针对1ml人血浆,分别选用凡知血浆...
2024年3月14日,《新英格兰医学杂志》(NEJM)报道了一项在一般风险人群中,将游离DNA(cfDNA)血液检测法用于结直肠癌筛查的性能研究(ECLIPSE研究)[6]。ECLIPSE研究旨在评估在筛查相关人群中,cfDNA血液检测法(Shield,Guardant Health公司)对无症状和早期结直肠癌的检测性能...
正常生理情况下，cfDNA主要来源于衰老凋亡细胞基因组DNA的降解，当机体发生疾病时，如恶性肿瘤、外伤、器官移植排异、组织器官衰竭和感染重大疾病等，异常坏死细胞会释放大量DNA进入血液循环。图片来源于网络，若有侵权联系删除 二、cfDNA筛查检测肿瘤原理 肿瘤患者的cfDNA来源于肿瘤细胞和周围组织的细胞，正常生理情况下异体...
在细胞凋亡和坏死过程中,DNA片段被释放到循环中形成cfDNA。它们携带来自起源细胞和组织的遗传和表观遗传信息。具体来说,cfDNA的一部分,即循环肿瘤DNA (ctDNA),代表肿瘤细胞脱落的DNA。可以通过检测肿瘤体细胞突变来区分ctDNA和非肿瘤cfDNA(10),但基于ctDNA突变呼叫的策略在早期肺癌中的灵敏度低至40%。
图1:cfDNA是由身体内正常细胞凋亡释放出来 二、cfDNA质量影响因素 好的开头是成功的一半,DNA质量的好坏直接决定结果的准确性,主要涉及样本生物学属性以及前处理过程。理想情况下,静脉采血之后需要马上离心分离血浆和白细胞层,紧接着迅速从血浆中提取cfDNA并进行后续的数字PCR或NGS实验。
游离DNA(cfDNA)检测作为新型的液体活检的重要组成部分,对于肿瘤的诊断、分子分型、疗效评估和复发预后监测等领域具有广泛前景,其中 cfDNA 甲基化已被证明可应用于肿瘤早期诊断和器官溯源,具有重要的临床应用价值。但当前 cfDNA 检测在肿瘤早期诊断方面仍存在局限性:主要包括早期患者的肿瘤 cfDNA 的丰度低、不同癌种 cfDN...
然而，单次抽血提取到的cfDNA产量通常较低，只能支持单次检测；而大多数cfDNA检测技术只能检测到一种类型的标志物【7】。因此，目前以cfDNA为对象的研究多局限于单个组学的标志物（如突变或甲基化），很难对来源于不同研究、不同队列的突变和甲基化数据进行比较，也无法通过组合形成多组学标志物联合检测方案。为了解决...