cellranger-arc count 作用: Takes FASTQ files and performs alignment, filtering, barcode counting, peak calling, and counting of both ATAC and GEX molecules. 输入:FASTQ 输出:GEX (Gene EXpression)+ATAC peak GEX(RNA) 相关输入:输入文件及相应的命名规则 ATAC 相关输入:输入文件及相应的命名规则 需要的...
cellranger-arc需要多组学数据,也就是同一批次的样本,一部分用于单细胞转录组建库,一部分用于单细胞ATAC建库。 cellranger-arc mkfastq 从原始bcl文件生成fastq文件: cellranger-arc mkfastq--id=tiny-bcl-atac \--run=/home/yanyt/02.data/10.cellranger_arc_test/01.example_data/01.database/cellranger-arc...
cellranger-atac mkfastq是基于 Illumina 的bcl2fastq工具的一个封装,并增加了许多便于 10x Genomics 实验处理的功能。 两个文库的混合,然后在一个通道上进行测序,文件拆分后需要对每个单独的文库走 cellranger-atac count 流程: 一个文库,在两个通...
地址:Specifying Input FASTQ Files for cellranger-arc count -Software -Single Cell Multiome ATAC + Gene Exp. -Official 10x Genomics Support 数据质量控制 我们可以使用FastQC软件进行质量控制 FastQC软件可以参考:转录组之质量控制(FastQC)学习笔记通俗易懂版_YHC-BI的博客-CSDN博客 这里默认FastQC软件已安装。
通常我们用到的是count定量 代码语言:javascript 复制 cellranger-arc count --id=sampleid \ --reference=/opt/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 \ --libraries=/home/jdoe/runs/libraries.csv \ --localcores=16 \ --localmem=64 --id #运行ID符,同时也是pipline的输出结果目录。可以使用...
2、查看cellranger命令帮助选项,以了解 cellranger count 命令: cellranger count --help 3、使用以下脚本在集群提交cellranger count 计算任务。 #!/bin/bash #SBATCH -J cellranger_S4D6 #SBATCH -N 2 #SBATCH -n 2 #SBATCH --cpus-per-task=200 # 每个任务使用200个CPU核心 ...
Cell Ranger ARC Algorithms OverviewSingle-library analysis pipelineThe computational pipeline cellranger-arc count for Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression involves the following analysis steps:The main components of cellranger-arc count include:ATAC...
Run cellranger-arc count To generate single cell feature counts and secondary analyses for a single library, runcellranger-arc countwith the following arguments. For a complete listing of the arguments accepted, see theCommand Line Argument Referencebelow, or runcellranger-arc count --help. ...
2.0.0 --fastqs=./ &nohup cellranger-atac count --id=SRR_HC --reference=/home/aaa/biosoft/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 --fastqs=./ &nohup cellranger-atac count --id=SRR_SD --reference=/home/aaa/biosoft/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 --fastqs=./ ...
cellranger是一系列分析流程,用于处理10x Genomics公司Chromium单细胞数据,拥有庞大的用户基础,更新维护及网络资源多,基本上是上游分析最需要学习的软件之一。分为一下几个板块,其中最重要的是cellranger mkfastq和cellranger count。 cellranger mkfastq:将下机数据生成fastq文件,此过程一般公司完成。