cellranger-arc count --id=sampleid \ --reference=/opt/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 \ --libraries=/home/jdoe/runs/libraries.csv \ --localcores=16 \ --localmem=64 --id #运行ID符,同时也是pipline的输出结果目录。可以使用字母、数字、下划线和连字符任意定义,保证唯一即可且不...
cellranger-atac mkfastq是基于 Illumina 的bcl2fastq工具的一个封装,并增加了许多便于 10x Genomics 实验处理的功能。 两个文库的混合,然后在一个通道上进行测序,文件拆分后需要对每个单独的文库走 cellranger-atac count 流程: 一个文库,在两个通...
地址:Specifying Input FASTQ Files for cellranger-arc count -Software -Single Cell Multiome ATAC + Gene Exp. -Official 10x Genomics Support 数据质量控制 我们可以使用FastQC软件进行质量控制 FastQC软件可以参考:转录组之质量控制(FastQC)学习笔记通俗易懂版_YHC-BI的博客-CSDN博客 这里默认FastQC软件已安装。
Run cellranger-arc count To generate single cell feature counts and secondary analyses for a single library, runcellranger-arc countwith the following arguments. For a complete listing of the arguments accepted, see theCommand Line Argument Referencebelow, or runcellranger-arc count --help. For ...
CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件 在共享服务器运行会遇到的问题 由于我们之前都是在自己的服务器上运行,早期我们教程分享的代码是: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ cat run-cellranger.sh bin=/home/data/bylin/cellranger-6.1.2/bin/cellranger ...
2、查看cellranger命令帮助选项,以了解 cellranger count 命令: cellranger count --help 3、使用以下脚本在集群提交cellranger count 计算任务。 #!/bin/bash #SBATCH -J cellranger_S4D6 #SBATCH -N 2 #SBATCH -n 2 #SBATCH --cpus-per-task=200 # 每个任务使用200个CPU核心 ...
$cellranger-arc count--id=sample345\--reference=/opt/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0\--libraries=/home/jdoe/runs/libraries.csv\--localcores=16\--localmem=64 Martian Runtime - v4.0.5 Serving UI at http://host.example.com:5603/?auth=mcV3MKANWfNTERRGASgYV8aXskx-rSH7hxy...
2.0.0 --fastqs=./ &nohup cellranger-atac count --id=SRR_HC --reference=/home/aaa/biosoft/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 --fastqs=./ &nohup cellranger-atac count --id=SRR_SD --reference=/home/aaa/biosoft/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 --fastqs=./ ...
cellrangerarc/count/main.nf and cellrangerarc/mkref/main.nf * Removing files that I accidently added * Bugfix for cellrangerarc/mkgtf/main.nf * Rerun * Changes to tests/modules/nf-core/cellrangerarc/mkref/main.nf * Bugfix for python test data and cellrangerarc/count/main.nf * Iditot...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" "-f5- ...