cellranger-atac mkfastq是基于 Illumina 的bcl2fastq工具的一个封装,并增加了许多便于 10x Genomics 实验处理的功能。 两个文库的混合,然后在一个通道上进行测序,文件拆分后需要对每个单独的文库走 cellranger-atac count 流程: 一个文库,在两个通...
在使用CellRanger-ATAC进行分析时,count参数是至关重要的,它可以对数据进行处理和计数,影响着最终结果的准确性和可靠性。 1. count参数的作用 在使用CellRanger-ATAC进行数据分析时,count参数是用来对细胞进行计数的。在ATAC-seq实验中,我们需要将细胞的开放染色质数据进行计数,以便后续的分析能够得到准确的结果。count...
https://support.10xgenomics.com/single-cell-atac/software/pipelines/latest/using/count 1. 输出文件 outs目录下的重要输出文件及其含义如下: fragments.tsv.gz https://support.10xgenomics.com/single-cell-atac/software/pipelines/latest/output/fragments fragments.tsv 对于每个barcode,比对到相应 DNA 区域内的r...
cellranger-atac count是10x Genomics推出的一款用于分析单细胞ATAC-seq数据的软件。它通过将原始测序数据处理成连接的DNA片段,提取每个细胞的特定DNA元件,如开放染色质区域和DNA结合蛋白,来实现对细胞进行分类和分析。cellranger-atac count的原理是基于ATAC-seq技术,通过识别基因组上的开放区域来揭示一个细胞的转录组特...
cellranger-atac count--id=Dmel_WT_whole_ovary__CellRanger_atac_210__FlyBase_r637 \--reference=/storage/YZY/Work/Now/scATA/FlyBase_r637 \--fastqs=/storage/YZY/Work/Now/snRNA+ATAC/ATAC_used \--sample=CR\--localcores=40\--localmem=100...
5、run cellranger-atac count 我是一个一个样本跑的。建议跑的时候nohup挂后台,然后就可以干别的事情了,我这里的样本12h也跑完了,因为时间比较久,万一服务器被你误操作终止了那不得心疼死。不放心中间可检查日志文件,看看是否有报错。 nohup cellranger-atac count --id=SRR_AA --reference=/home/aaa/biosof...
cellranger-atac aggr命令接受一个CSV文件,该文件指定cellranger-ata ccount 的输出文件(特别是来自each run 的 fragments.tsv.gz和singlecell.csv)的列表,并生成一个包含所有样本数据的peak-barcode矩阵。 当组合多个GEM well时,每个通道的barc...
cellranger-atac count \ --id $i \ --reference ${human_index_dir} \ --fastqs ${fastqs_dir} \ --sample $i \ --localcores 12 \ --localmem 128done#<<<quantify.sh<<<nohup bash quantify.sh &> quantify.sh.log & out 输出文件怎么看,可以参考这两个推文。 https://mp.weixin.qq....
The fully specified and common names for each transcription factor in the reference are stored as the first and second columns in themotifs.tsv, respectively. $headfiltered_tf_bc_matrix/motifs.tsv Arnt_HUMAN.MA0004.1 Arnt Ahr::Arnt_HUMAN.MA0006.1 Ahr::Arnt Ddit3::Cebpa_HUMAN.MA0019.1 Ddit3...
Advanced Loupe Introduction Download Tutorial Loupe Browser Files Thecellranger-atac countpipeline outputs aBED-like tabular file, where each line represents a unique ATAC-seq fragment captured by the assay. Each fragment is created by two separate transposition events, which create the two ends of ...