cellranger-atac count--id=Dmel_WT_whole_ovary__CellRanger_atac_210__FlyBase_r637 \--reference=/storage/YZY/Work/Now/scATA/FlyBase_r637 \--fastqs=/storage/YZY/Work/Now/snRNA+ATAC/ATAC_used \--sample=CR\--localcores=40\--localmem=100...
对每个文库运行独立的 cellranger-atac count,使用cellranger-atac aggr将这些独立的 count 分析结果文件整合到一起,完成综合分析。 多个样本、多个 GEM wells、单个流动槽:这种场景设计比较复杂,多种样本分别经过多个 GEM wells 处理后形成多个文库,然...
在使用CellRanger-ATAC进行分析时,count参数是至关重要的,它可以对数据进行处理和计数,影响着最终结果的准确性和可靠性。 1. count参数的作用 在使用CellRanger-ATAC进行数据分析时,count参数是用来对细胞进行计数的。在ATAC-seq实验中,我们需要将细胞的开放染色质数据进行计数,以便后续的分析能够得到准确的结果。count...
在分析时,我们需要将混合的测序数据进行拆库demultiplex分成多个不同样本的数据集,分别使用cellranger-atac count子程序对每个样本单独进行分析,然后可以使用cellranger-atac aggr子程序将多个样本进行整合分析。 image.png Cell Ranger ATAC 软件的下载与安装 System Requirements 系统需求 Hardware 硬件需求 Cell Ranger AT...
(1)使用10x Chromium™平台制备的每个GEM well上运行cellranger-atac count,如Single-GEM Well Analysis中所述。 例如,假设您运行了三个countpipelines,如下所示: --id 参数:A unique run ID string: e.g. sample345 $ cd /opt/runs$...
cellranger-atac count是10x Genomics推出的一款用于分析单细胞ATAC-seq数据的软件。它通过将原始测序数据处理成连接的DNA片段,提取每个细胞的特定DNA元件,如开放染色质区域和DNA结合蛋白,来实现对细胞进行分类和分析。cellranger-atac count的原理是基于ATAC-seq技术,通过识别基因组上的开放区域来揭示一个细胞的转录组特...
地址:Specifying Input FASTQ Files for cellranger-arc count -Software -Single Cell Multiome ATAC + Gene Exp. -Official 10x Genomics Support 数据质量控制 我们可以使用FastQC软件进行质量控制 FastQC软件可以参考:转录组之质量控制(FastQC)学习笔记通俗易懂版_YHC-BI的博客-CSDN博客 ...
Project/ATAC/quantify cd ${output_dir} ls ${fastqs_dir} | cut -d '_' -f 1-4 | uniq | while read i do cellranger-atac count \ --id $i \ --reference ${human_index_dir} \ --fastqs ${fastqs_dir} \ --sample $i \ --localcores 12 \ --localmem 128 done #<<<quantify...
bin=/pipeline/cellranger-atac-2.1.0/bin/cellranger-atac db=/pipeline/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 ls $bin; ls $db fq_dir=/jmzeng/2022-PRJNA768891-ccRCC/raw $bin count --id=$1 \ --localcores=4 \ --reference=$db \ ...
Cell Ranger ATAC执行基于参考(reference-based)的分析,并要求adapter 和引物寡核苷酸序列(primer oligo sequence)在确定映射之前进行修剪。在目前的策略中,如果读长度大于基因组片段的长度,读序列的3'端(读序列的末端)可能包含引物序列的反补序列。我们使用cutadapt工具在每次读取结束时识别引物序列的反向补码,并在比对之...