cellranger-atac计数管道输出一个位置排序(position-sorted)和索引的BAM文件。这些文件主要用于BAM可视化工具,如集成基因组查看器(Integrated Genome Viewer, IGV)。 FileRecordsReferenceDescription possorted_bam.bamReadsUser-specified referenceBarcode-corrected reads aligned to the user-specified reference,sorted by ...
10X cellranger-atac || Matrices 结果与读取 周运来就是我关注赞赏支持10X cellranger-atac || Matrices 结果与读取 周运来就是我关注IP属地: 西藏 0.1572020.04.26 18:23:52字数798阅读2,013 cd /home/jdoe/runs $ cellranger-atac count --id=sample345 \ --reference=/opt/refdata-cellranger-atac-...
Cell Ranger ATAC目前只支持由单个GEM运行生成的库，因此GEM组后缀总是-1。它可以保留在适当的位置，并作为唯一的条形码标识符的一部分进行处理，也可以显式地解析出来，只留下条形码序列本身。cellranger-atac计数管道输出一个类似于bed的表格文件，其中每一行代表一个唯一的ATAC-seq片段捕获的化验。每个片...
在使用CellRanger-ATAC进行分析时,count参数是至关重要的,它可以对数据进行处理和计数,影响着最终结果的准确性和可靠性。 1. count参数的作用 在使用CellRanger-ATAC进行数据分析时,count参数是用来对细胞进行计数的。在ATAC-seq实验中,我们需要将细胞的开放染色质数据进行计数,以便后续的分析能够得到准确的结果。count...
对于每个聚类结果,cellranger-atac为每个cell生成聚类分配。 $ head-5analysis/clustering/kmeans_3_clusters/clusters.csvBarcode,ClusterAAATGAGCAATCAGGG-1,2AACAAAGCACCTATTT-1,1AACCTTTCAATGATGA-1,3AACTTGGCATGGCCGT-1,3 差异富集分析 在进行差异分析之前,cellranger-atac产生一个峰值条形码矩阵和一个转录因子...
结果文件 2018-09-1722:26:56[runtime](join_complete)ID.sample345.SC_ATAC_COUNTER_CS.SC_ATAC_COUNTER.CLOUPE_PREPROCESSOutputs:-Per-barcode fragment counts&metrics:/opt/sample345/outs/singlecell.csv-Position sortedBAMfile:/opt/sample345/outs/possorted_bam.bam-Position sortedBAMindex:/opt/sample34...
peak注释的目标是将peak映射到基因symbols,即给定基因的所有转录本的结合。 一个峰值可以映射到多个基因。 一个峰只能是一个给定基因的一种类型的峰,这意味着一个峰不能同时被标注为同一基因的启动子峰和远端峰。 仅包含蛋白编码基因进行注释。 注释过程如下: ...