在使用CellRanger-ATAC进行分析时,count参数是至关重要的,它可以对数据进行处理和计数,影响着最终结果的准确性和可靠性。 1. count参数的作用 在使用CellRanger-ATAC进行数据分析时,count参数是用来对细胞进行计数的。在ATAC-seq实验中,我们需要将细胞的开放染色质数据进行计数,以便后续的分析能够得到准确的结果。count...
cellranger-atac aggr:功能:合并分析多个cellranger-atac count运行的结果,包含归一化,染色质峰检测,生成计数矩阵,降维分析,细胞聚类,差异可及性分析,批次效应校正。 cellranger-atac reanalyze:允许用户调整分析参数进行更深入或优化的探索。包含重新进...
cellranger-atac count 参数 cd/home/jdoe/runs $ cellranger-atac count--id=sample345 \--reference=/opt/refdata-cellranger-atac-GRCh38-1.2.0\--fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \--sample=mysample \--localcores=8\--localmem=64 结果文件 2018-09-1722:26:56[runtime](...
cellranger-atac count--id=Dmel_WT_whole_ovary__CellRanger_atac_210__FlyBase_r637 \--reference=/storage/YZY/Work/Now/scATA/FlyBase_r637 \--fastqs=/storage/YZY/Work/Now/snRNA+ATAC/ATAC_used \--sample=CR\--localcores=40\--localmem=100...
地址:Specifying Input FASTQ Files for cellranger-arc count -Software -Single Cell Multiome ATAC + Gene Exp. -Official 10x Genomics Support 数据质量控制 我们可以使用FastQC软件进行质量控制 FastQC软件可以参考:转录组之质量控制(FastQC)学习笔记通俗易懂版_YHC-BI的博客-CSDN博客 ...
cellranger-atac count是10x Genomics推出的一款用于分析单细胞ATAC-seq数据的软件。它通过将原始测序数据处理成连接的DNA片段,提取每个细胞的特定DNA元件,如开放染色质区域和DNA结合蛋白,来实现对细胞进行分类和分析。cellranger-atac count的原理是基于ATAC-seq技术,通过识别基因组上的开放区域来揭示一个细胞的转录组特...
bin=/pipeline/cellranger-atac-2.1.0/bin/cellranger-atac db=/pipeline/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 ls $bin; ls $db fq_dir=/jmzeng/2022-PRJNA768891-ccRCC/raw $bin count --id=$1 \ --localcores=4 \ --reference=$db \ ...
$bin count--id=$1 \--localcores=4\--transcriptome=$db \--fastqs=$fq_dir \--sample=$1 \--expect-cells=5000 这个只设置了线程的调用,代码本身没有错,但是由于没有限制内存,往往会占用过多的内存。 更有甚者,提交cellranger定量任务的时候,线程和内存均不做限制,任务一提交就会占满服务器线程。如...
(1)使用10x Chromium™平台制备的每个GEM well上运行cellranger-atac count,如Single-GEM Well Analysis中所述。 例如,假设您运行了三个countpipelines,如下所示: --id 参数:A unique run ID string: e.g. sample345 $ cd /opt/runs$...