这3个样品,每个样品都有4个合格的文件名字,就可以跑cellranger-atac 的 流程啦,代码也很简单 $ cat run-cellranger_hg38.sh bin=/pipeline/cellranger-atac-2.1.0/bin/cellranger-atac db=/pipeline/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 ls $bin; ls $db fq_dir=/jmzeng/2022-PRJNA768891-ccR...
单细胞多组学ATAC- Cell Ranger ARC--count 单细胞多组学ATAC-Cellranger ARC-结果解读之网页报告【有一个系列】 多样本合并: gene很好合并,但是peak不行,必须合在一起call peak才行,所以必须在上游就处理完成; Aggregating Multiple GEM Wells with cellranger-arc aggr 目录 QC 分析流程(基本+高级) 建库原理 ...
新数据集:小鼠 FFPE单细胞数据演示(v1版试剂) 添加了来自小鼠 FFPE样本的三个新数据集, 演示使用gentleMACS Dissociator 解离的小鼠 FFPE 组织的Single Cell Gene Expression Flex分析结果(从 FFPE 组织切片中分离细胞并进行固定 RNA 分析操作流程,CG000632)。 Cell Ranger ARC新数据集:单细胞核的单细胞多组学ATAC+...
这个新表格可以用来计算测序10x Genomics单细胞混合文库时所需的总reads数,并选择一个合适的Illumina测序平台和flowcell以保障足够的reads产出。 软件 Cell Ranger ARC 新教程:使用Cell Ranger ARC mkref为大鼠创建参考序列 Cell Ranger ARC提供了一个名为cellranger-arc mkref的工具,可使用户使用参考基因组及其对应的...
Cell Ranger ARC 采用一组免费且易用的分析流程来分析单细胞多组学ATAC + 基因表达数据,以开展初步分析和二次分析。 了解更多 下载 Space Ranger 采用一组免费且易用的分析流程来分析空间基因表达数据。 了解更多 下载 Xenium Ranger Analyze Xenium In Situ Gene Expression data with a set of easy-to-use anal...
1 condainstall-c dranew bcl2fastq 参考: Generating FASTQs with cellranger-arc mkfastq Running cellranger mkfastq
528M 3月 24 10:50 cellranger-atac-2.1.0.tar.gz 14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: ...
Cell Ranger ARC'spipelines analyze sequencing data produced from Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression. The Cell Ranger ARC pipeline can only analyze Gene Expression and ATAC data together. It must not be used to analyze Gene Expression or ATAC alone. ...
cellranger-atac count # 单个样本cellranger-atac count--id=$sample\--localcores=40\--reference=/home/txm/genome/cellranger_atac/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0\--fastqs=/home/txm/project/GBM/data/elife_GBM_ATAC/ATAC_raw/fastq/$sample\--sample=$sample# 所有样本循环forsample...
Cell Ranger ARC analyzes data generated by the Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression assay to compute sequencing quality and application result metrics for each supported library type. Supported library types are "Gene Expression" and "Chromatin Accessibility". The pipeline outputs key...