$cellranger-arc count--id=sample345\--reference=/opt/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0\--libraries=/home/jdoe/runs/libraries.csv\--localcores=16\--localmem=64 Martian Runtime - v4.0.5 Serving UI at http://host.example.com:5603/?auth=mcV3MKANWfNTERRGASgYV8aXskx-rSH7hxy...
Runcellranger-arc mkfastqon the Illumina BCL output folder for each ATAC (GEX resp.) flow cell to generate ATAC (GEX resp.) FASTQ data. Note that a separate run ofmkfastqis required for each ATAC and each GEX flow cell. Run a separate instance ofcellranger-arc countfor eachGEM welltha...
新数据集:小鼠 FFPE单细胞数据演示(v1版试剂) 添加了来自小鼠 FFPE样本的三个新数据集, 演示使用gentleMACS Dissociator 解离的小鼠 FFPE 组织的Single Cell Gene Expression Flex分析结果(从 FFPE 组织切片中分离细胞并进行固定 RNA 分析操作流程,CG000632)。 Cell Ranger ARC新数据集:单细胞核的单细胞多组学ATAC+...
10x的单细胞ATAC上游流程之cellranger-atac 联合分析RNA+ATAC What is Cell Ranger ARC?- 官网 最新单细胞多组学新产品:ATAC + 基因表达- 【基本原理】 单细胞多组学ATAC- Cell Ranger ARC--count 单细胞多组学ATAC-Cellranger ARC-结果解读之网页报告【有一个系列】 多样本合并: gene很好合并,但是peak不行,必...
Cell Ranger ATAC and ARC software have just received some major improvements! Update to Cell Ranger ATAC v2 and Cell Ranger ARC v2 to see how these powerful tools for computational analysis of single cell open chromatin and transcriptional data have gotten even better....
Cell Ranger ARC 采用一组免费且易用的分析流程来分析单细胞多组学ATAC + 基因表达数据,以开展初步分析和二次分析。 了解更多 下载 Space Ranger 采用一组免费且易用的分析流程来分析空间基因表达数据。 了解更多 下载 Xenium Ranger Analyze Xenium In Situ Gene Expression data with a set of easy-to-use anal...
这个新表格可以用来计算测序10x Genomics单细胞混合文库时所需的总reads数,并选择一个合适的Illumina测序平台和flowcell以保障足够的reads产出。 软件 Cell Ranger ARC 新教程:使用Cell Ranger ARC mkref为大鼠创建参考序列 Cell Ranger ARC提供了一个名为cellranger-arc mkref的工具,可使用户使用参考基因组及其对应的...
528M 3月 24 10:50 cellranger-atac-2.1.0.tar.gz 14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: ...
528M 3月 24 10:50 cellranger-atac-2.1.0.tar.gz 14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: ...
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest 安装好之后,双击启动,界面如下 在cell ranger软件的输出结果中,有一个名为cloupe.cloupe的文件,该文件就是用于输入到Loupe Cell Browser软件中的。 通过左上角的File->Open File, 或者Browser for a Loupe Cell Browser Fil...