Cell Ranger ARC CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞...
cellranger-arc mkfastq--id=tiny-bcl-atac \--run=/home/yanyt/02.data/10.cellranger_arc_test/01.example_data/01.database/cellranger-arc-tiny-bcl-atac-1.0.0\--csv=/home/yanyt/02.data/10.cellranger_arc_test/01.example_data/01.database/cellranger-arc-tiny-bcl-atac-simple-1.0.0.csv...
报错一: mkref has FAILED Error building referencepackageErrorwhileparsing GTF file/storagenew/YZY_new/Single-nucleus-RNA+ATAC/Reference_for_Cellranger_arc/Dmel/dmel-all-r6.37.gtf Supplied GTFisinvalid.This row['X','FlyBase','exon','19961689','19961845','.','+','.','gene_id "FBgn0031...
对每个文库运行独立的 cellranger-atac count,使用cellranger-atac aggr将这些独立的 count 分析结果文件整合到一起,完成综合分析。 多个样本、多个 GEM wells、单个流动槽:这种场景设计比较复杂,多种样本分别经过多个 GEM wells 处理后形成多个文库,然...
14. PBMCs from a healthy donor - granulocytes removed through cell sorting (10k), Single Cell Multiome ATAC + Gene Exp. Dataset by Cell Ranger ARC 1.0.0,10x Genomics. 2020, September 9. 15. Mimitou, E.P., et...
--reference=$db \ --fastqs=$fq_dir \ --sample=$1 上面的脚本是文件是run-cellranger_hg38.sh ,我们对3个样品独立跑流程, 使用这个脚本,如下所示: bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213608 1>log-SRR16213608.txt 2>&1 bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213609 1>log-SRR16213609.txt 2>&1 ...
input_gtf: [\""$gtf_filtered"\"] input_motifs: \""$motifs_modified"\" non_nuclear_contigs: [\"chrM\"] }""" > "$config_in" # Create reference package cellranger-arc mkref --ref-version="$version" \ --config="$config_in"...
cellranger count:输入 fastq 文件和 reference 数据,进行序列比对、细胞过滤、UMI 计数等,产生feature-barcode表达矩阵 cellranger aggr:将多个cellranger count 结果去批次/标准化后进行数据整合。 cellranger mkref:10x 单细胞转录组测序的参考基因组准备。
tar.gz # Mouse ATAC reference md5sum: a2c1cc9b8dff2a2ef36971d7c31c8304 curl -O https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-atac/refdata-cellranger-arc-mm10-2020-A-2.0.0.tar.gz md5sum *gz tar -xf *gz rm -f *gz count 代码语言:javascript 复制 #>>>quantify.sh>>> human_index_dir=...
1、下载referencetranscriptome packages on the 10x Genomics support site。 参考转录组数据下载链接: https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads 使用以下命令下载解压,人类参考转录组数据: wgethttps://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz ...