cellranger的定量流程合辑 非模式生物构建10x单细胞转录组CellRanger参考文件 CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件 在共享服务器运行会遇到的问题 由于我们之前都是在自己的服务器上运行,早期我们教程分享的代码是: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ cat run-cellranger.sh bin=/home...
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞检测和定量 自动检...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" " -f5- 45G 8月 5 00:50 SRR16213608/SRR162136...
zcat refdata-cellranger-arc-mm10-2020-A-2.0.0/genes/genes.gtf.gz|cat - egfp.gtf >genome.gtf 还需配置mm10_egfp.config文件: {organism:"mouse"genome:["mm10"]input_fasta:["new_ref/genome.fa"]input_gtf:["/new_ref/genome.gtf"]non_nuclear_contigs:["chrM"]input_motifs:"refdata-cellra...
Tutorial Cell Ranger ARC analyzes data generated by the Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression assay to compute sequencing quality and application result metrics for each supported library type. Supported library types are "Gene Expression" and "Chromatin Accessibility". The pipeline ou...
The Cell Ranger ARC pipeline can only analyze Gene Expression and ATAC data together. It must not be used to analyze Gene Expression or ATAC alone. You can run 10x Genomics single cell pipelines with 10x Genomics Cloud Analysis, our recommended method to easily process FASTQ files into Cell Ra...
wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-atac/refdata-cellranger-arc-mm10-2020-A-2.0.0.tar.gz 系统配置 官网有最低的系统配置要求,基本上得上服务器才行: 不同配置的性能表现及分析时间: 文件拆分 ❝ cellranger-atac工作流程的第...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" " -f5- ...
According to Brett Olsen, Staff Computational Biologist at 10x Genomics, Cell Ranger ATAC v2 and Cell Ranger ARC v2 include “some substantial improvements to how we identify accessible regions of chromatin, or peaks, in our ATAC samples.” These peaks are a key component of many downs...
According to Brett Olsen, Staff Computational Biologist at 10x Genomics, Cell Ranger ATAC v2 and Cell Ranger ARC v2 include “some substantial improvements to how we identify accessible regions of chromatin, or peaks, in our ATAC samples.” These peaks are a key component of many do...