Barcode:细胞标记;UMI:mRNA标记 地址:Specifying Input FASTQ Files for cellranger-arc count -Software -Single Cell Multiome ATAC + Gene Exp. -Official 10x Genomics Support 数据质量控制 我们可以使用FastQC软件进行质量控制 FastQC软件可以参考:转录组之质量控制(FastQC)学习笔记通俗易懂版_YHC-BI的博客-CSDN...
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞检测和定量 自动检...
528M 3月 24 10:50 cellranger-atac-2.1.0.tar.gz 14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -...
非模式生物构建10x单细胞转录组CellRanger参考文件 CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件 在共享服务器运行会遇到的问题 由于我们之前都是在自己的服务器上运行,早期我们教程分享的代码是: 代码语言:javascript 复制 $ cat run-cellranger.sh bin=/home/data/bylin/cellranger-6.1.2/bin/cellranger db=...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" "-f5- ...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" " -f5- ...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" "-f5- ...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" "-f5- ...