CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞检测和定量 自动检...
非模式生物构建10x单细胞转录组CellRanger参考文件 CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件 在共享服务器运行会遇到的问题 由于我们之前都是在自己的服务器上运行,早期我们教程分享的代码是: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ cat run-cellranger.sh bin=/home/data/bylin/cellranger-...
Barcode:细胞标记;UMI:mRNA标记 地址:Specifying Input FASTQ Files for cellranger-arc count -Software -Single Cell Multiome ATAC + Gene Exp. -Official 10x Genomics Support 数据质量控制 我们可以使用FastQC软件进行质量控制 FastQC软件可以参考:转录组之质量控制(FastQC)学习笔记通俗易懂版_YHC-BI的博客-CSDN...
528M 3月 24 10:50 cellranger-atac-2.1.0.tar.gz 14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" "-f5- ...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" " -f5- ...
14G 5月 3 2021 refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz 因为必须去ncbi的sra下载,大家可以参考前面的系列教程。 这个项目就3个10x的单细胞ATAC数据,但是文件实在是有点大,所以耗时一天半,sra文件如下所示: $ ls -lh */*sra |cut -d" "-f5- ...
com/supp/cell-atac/refdata-cellranger-arc-mm10-2020-A-2.0.0.tar.gz md5sum *gz tar -xf *gz rm -f *gz count 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #>>>quantify.sh>>> human_index_dir=~/DataHub/Genomics/10X/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 mouse_index_...
但是,大概率上,我们只需要使用它的定量流程,就是 cellranger count 命令,教程在consult Running 10x Pipelines on FASTQ Files,主要就是需要把软件和配套的数据库文件,以及10x的fastq文件准备好(主要就是命名符合规则)。 我写了一个脚本,文件名是 run-cellranger.shn,内容如下所示 : ...
CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件 sample脚本软件数据file CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 生信菜鸟团 2024/07/22 1.5K0 单细胞上游分析/cellranger流程学习(二) 数据挖掘 在下...