cellranger aggr 流程:其功能为将多个 cellranger count 产生的数据进行整合、标准化,并可以对整合后的数据进行分析。 cellranger reanalyze 流程:其功能为使用 cellranger count 或 cellranger aggr 产生的表达矩阵重新进行降维、聚类等后续分析。 以上四个pipeline 均将转录组常用比对软件 STAR 封装其中,可以输出带有...
cellranger count应该是Cell Ranger软件个人应用最广泛的部分。 1.3 cellranger aggr 组合两组数据(cellranger count的结果数据)。 1.4 cellranger reanalyze 设置不同参数重分析cellranger count或cellranger aggr的结果。 1.5 cellranger multi 处理Cell Multiplexing数据集。What is Cell Multiplexing? 2 cellranger co...
Cell Ranger主要的流程有:拆分数据mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrun。 但是,大概率上,我们只需要使用它的定量流程,就是 cellranger count 命令,教程在consultRunning 10x Pipelines on FASTQ Files,主要就是...
cellranger aggraggregates outputs from multiple runs ofcellranger count, normalizing those runs to the same sequencing depth and then recomputing the feature-barcode matrices and analysis on the combined data. Theaggrpipeline can be used to combine data from multiple samples into an experiment-wid...
cells from different tissues or time points from the same individual, or cells from different individuals. Samples could be processed through differentGel Bead-in Emulsion (GEM) wellsor multiplexed within the same GEM well on Chromium instruments. Thecellranger aggrpipeline can be used to aggregate...
cell ranger pipeline cellranger单细胞分析流程主要分为:数据拆分cellranger mkfastq、细胞定量cellranger count、GEM整合cellranger aggr、定制调整cellranger reanalyze。还有一些用户可能会用到的功能:mat2csv、mkgtf、mkref (构建索引)、vdj、mkvdjref、testrun(测试软件是否安装成功和输出结果的结构)、upload、sitech...
Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrun。 但是,大概率上,我们只需要使用它的定量流程,就是 cellranger count 命令,教程在consult Running 10x Pipelines on FASTQ Files,主要...
另外cellranger aggr不再重新计算识别细胞的步骤,而是直接聚合输入文件的细胞数,并且不再支持 --normalize=raw选项(可用—normalize=mapped)。 怀着激动的心情试了一下新版的Aggr,结果看起来还不错呦,感兴趣的道友们可以亲自试验一把。 如果你想了解 2.0 版本的使用方法,请看:10x的单细胞转录组数据就应该这样处理...
Cell Ranger aggr Aggregating data with Cell Ranger aggr Cell Ranger reanalyze Rerun secondary analysis for a completed cellranger count or aggr run with different parameters Cell Ranger mkref Build a custom reference using Cell Ranger mkref
Choosing a pipeline Library types GEX + Antibody/CRISPR (count) VDJ-T/B only (vdj) 3'/5' Sample Multiplexing (multi) VDJ + GEX + Antibody/CRISPR/BEAM (multi) Flex (multi) Secondary Analysis Aggregate Multiple Samples (aggr) Cell Annotation (annotate) Custom Analysis (reanalyze) Outputs ...