https://qrco.de/bbUjCF (二维码自动识别) CellChatDB v2数据库中包含了丰富的先验信息: 1、数据库内容来源于已知文献的人和小鼠的配-受体相互作用信息。 2、这些信息包含了大约3300个经过验证的分子互作信息(~40%是自分泌/旁分泌,~17%是细胞外基质-受体,~13%是细胞-细胞间接触,~30%是非蛋白质信号) 3、相...
空转| CellChat-V2,揭秘空间转录组数据的细胞通讯分析 这里介绍下空间转录组的CellChat分析 以及 和单细胞转录组的一些区别。 一 数据输入,处理 1,载入R包和数据 仍然使用空转 | 结合scRNA完成空转spot注释(Seurat Mapping) & 彩蛋(封面的空转主图代码)推文中的空转数据进行示例展示。 注:CellChat分析中Cell labels ...
CellChat v2 首先关注细胞群体水平的整体信号变化,然后缩小到改变的信号通路和 L-R 对。 具体来说,CellChat v2 确定了两个特定细胞群之间的哪些相互作用发生了显著变化,以及在不同条件下表现出显著发送或接收信号模式变化的细胞群身份。 为了识别不同条件下显著上调和下调的 L-R 对,CellChat v2 将细胞间通信分析与...
本次主要来学习一下cellchat这个工具。 CellChatDB v2数据库中包含了丰富的先验信息: 1、数据库内容来源于已知文献的人和小鼠的配-受体相互作用信息。 2、这些信息包含了大约3300个经过验证的分子互作信息(~40%是自分泌/旁分泌,~17%是细胞外基质-受体,~13%是细胞-细胞间接触,~30%是非蛋白质信号) 3、相比于v1...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat=MDA.cellchat,source_celltype="ECs",count=T,celltype.size=F,showInter=T,flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype数量,那么还需要se...
单样本Cellchat(V2)是一种专门用于分析细胞间通讯的研究工具。它通过研究不同细胞类型如何通过信号分子(例如配体和受体)进行交流和调控,揭示了细胞间相互作用的机制。这种分析方法对于理解组织和器官如何协调运作至关重要。 关键词 单样本, Cellchat, 细胞间, 信号分子, 协调运作 ...
注:本文为个人学习笔记,仅供大家参考学习,不得用于任何商业目的。如有侵权,请联系作者删除。 本文由mdnice多平台发布 程序员 阅读11.6k发布于2024-04-01 TigerZ知识宝库 4声望12粉丝 « 上一篇 文献阅读:通过 NeuronChat 从单细胞转录组推断神经元-神经...
所以就不需要大家费劲的一步步操作,直接写成函数,当然了,还是依然考虑cellchat v2和cellphonedb v5两种方式。那么这两个方式可以整合到一个函数中嘛?可以呀,但我实在不行弄了,单个分开挺好的。此外,我们原图做了升级,可以设定分组和celltype颜色! image.png...
CellChat v2 is an updated version that includes additional comparison functionalities, an expanded database of ligand–receptor pairs along with rich functional annotations, and an Interactive CellChat Explorer. Here we provide a step-by-step protocol for using CellChat v2 on single-cell transcriptomic...
CellChat v2是一款革新性开源软件包,专为解析基于空间位置的细胞间交互设计。它不仅支持从多份空间解析转录组数据中推断细胞通讯,还扩展了其数据库(CellChatDB v2),收录了超过1000种蛋白与非蛋白相互作用。CellChat v2提供了直观的Web浏览器功能,使得数据分析与探索更加便捷。 参考文献 CellChat的相关研究由Suoqin Jin等...