cellchat<-createCellChat(object=data.input,meta=meta,group.by="labels",#前面的meta ,定义的名字是labels datatype="spatial",### coordinates=spatial.locs,scale.factors=scale.factors) 注意datatype 要选择 "spatial" 。 4,设置参考数据库 因为空转数据是人的,这里直接选择CellChatDB.human(鼠的话选择 Cell...
CellChat 2 现在支持多种数据类型,除了单细胞转录组数据(scRNA-seq),还扩展支持 空间转录组数据(spatial transcriptomics)。😘 可以将空间信息与细胞间通信分析结合起来,更加精确地探索细胞与细胞之间的关系。🧐 用到的包 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rm(list = ls()) library(tidyverse...
A. Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics. Nat. Rev. Genet. 22, 627–644 (2021). Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Wang, X., Almet, A. A. & Nie, Q. The promising application of cell-cell interaction analysis in ...
Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential Yue Liu Guoping Dong Ping Liang Journal of Translational Medicine (2025) Utilizing sc-linker to integrate single-cell ...
New tutorial for analyzing spatial imaging data sqjincommitted Verified acdaab9 Add files via upload sqjincommitted Verified d4ff6bb update version and object structure sqjincommitted Verified f97fd99 Commits on Nov 3, 2022 Fix the error in netVisual_embeddingPairwise sqjincommitted Verified...
注意datatype 要选择"spatial"。 4,设置参考数据库 因为空转数据是人的,这里直接选择CellChatDB.human(鼠的话选择 CellChatDB.mouse) 。 CellChatDB <- CellChatDB.human # use CellChatDB.mouse if running on mouse data # use a subset of CellChatDB for cell-cell communication analysis#CellChatDB.use <...
CellChat V2现在支持从多个空间解析转录组学数据集中推断细胞间的通信。CellChat需要输入细胞(Spot)的的基因表达信息和空间位置数据,并通过整合基因表达与空间距离信息以及信号配体、受体及其辅因子之间相互作用的先验知识(CellChat的数据库DB,支持人、小鼠、斑马鱼),来建模细胞间通信的概率。
spatial.factors (空间距离因子): 一个数据框,包括两个因子,ratio 和tol;ratio的作用是将像素坐标转换成微米坐标;tol是tolerance factortol作为比较质心间距离与交互范围时增强稳健性的耐受因子。其值可设定为细胞/点大小的一半,单位为微米。若细胞/点大小未知,我们提供了一个名为computeCellDistance的函数来计算细胞质...
注意datatype 要选择 "spatial"。 4,设置参考数据库 因为空转数据是人的,这里直接选择CellChatDB.human(鼠的话选择 CellChatDB.mouse) 。 CellChatDB <- CellChatDB.human # use CellChatDB.mouse if running on mouse data# use a subset of CellChatDB for cell-cell communication analysis#CellChatDB.use <...
书接上文。我在CellChat细胞通讯分析(一)一文中简单介绍了CellChat,以及其进行细胞间通讯的推断与分析的代码实现。简言之,上文主要是得到一个细胞间通讯网络,而在此基础上,作者提供了一系列的可视化函数,方便用户进行可视化和数据探索。 前文说到: 在运行CellChat的基本流程之后得到了细胞间通讯网络,从这里开始,围绕...