写在前面学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度,分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新,建议配合官方文档一起阅读...
单样本Cellchat(V2)细胞通讯分析学习和整理 数据分析 细胞通讯分析是一种研究不同细胞类型之间如何通过信号分子(如配体和受体)进行相互交流和调控的分析方法。它在揭示细胞间相互作用的机制,理解组织和器官如何协调运作方面具有重要意义。 凑齐六个字吧 2024/09/21 3960 🤩 Cellchat | 空间转录组也可以做细胞通讯啦...
# check the orderofcell identity tosetsuitable vertex.receiverlevels(cellchat@idents)vertex.receiver=seq(1,4)# Vis gg.list=list()for(iin1:length(pathways.show.all)){## 可视化1:hierarchy plot 可视化配受体对 netVisual.V2是在作者的netVisual基础上补充了out.dir参数 # Visualize communication network...
CellChat v2 首先关注细胞群体水平的整体信号变化,然后缩小到改变的信号通路和 L-R 对。 具体来说,CellChat v2 确定了两个特定细胞群之间的哪些相互作用发生了显著变化,以及在不同条件下表现出显著发送或接收信号模式变化的细胞群身份。 为了识别不同条件下显著上调和下调的 L-R 对,CellChat v2 将细胞间通信分析与...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", count = T, celltype.size=F, showInter=T, flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype...
Cellchat V2支持单细胞空转的互作分析,假设您的数据已经完成了基本的分析和注释,那么进行互作分析也是一种手段,这里简单介绍一下(请注意,数据无实际意义)。我们在写的过程中发现,其实这个步骤和scRNA的cellchat差不多(单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程))。重复写没有意思,所以我们直接介绍了cellchat(Cellchat分析受...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat=MDA.cellchat,source_celltype="ECs",count=T,celltype.size=F,showInter=T,flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype数量,那么还需要se...
Seurat V2 data.input<-seurat_object@data# normalizeddatamatrix labels<-seurat_object@idents identity<-data.frame(group=labels,row.names=names(labels))# create a dataframe of the cell labels Scanpy anndata提供了一个可用于存储单细胞数据的python类。这种数据格式也用于存储在scanpy包中。我们首先使用reticu...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", count = T, celltype.size=F, showInter=T, flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype...
Cellchat V2支持单细胞空转的互作分析,假设您的数据已经完成了基本的分析和注释,那么进行互作分析也是一种手段,这里简单介绍一下(请注意,数据无实际意义)。我们在写的过程中发现,其实这个步骤和scRNA的cellchat差不多(单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程))。重复写没有意思,所以我们直接介绍了cellchat(Cellchat分析受...