写在前面学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度,分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新,建议配合官方文档一起阅读...
# check the orderofcell identity tosetsuitable vertex.receiverlevels(cellchat@idents)vertex.receiver=seq(1,4)# Vis gg.list=list()for(iin1:length(pathways.show.all)){## 可视化1:hierarchy plot 可视化配受体对 netVisual.V2是在作者的netVisual基础上补充了out.dir参数 # Visualize communication network...
单样本Cellchat(V2)细胞通讯分析学习和整理 数据分析 细胞通讯分析是一种研究不同细胞类型之间如何通过信号分子(如配体和受体)进行相互交流和调控的分析方法。它在揭示细胞间相互作用的机制,理解组织和器官如何协调运作方面具有重要意义。 凑齐六个字吧 2024/09/21 4110 cellchat-(3)细胞通讯网络的系统分析 生物基因学...
接下来我们就具体演示一下它的使用,首先是Cellchat:加载cellchat分析结果,我们展示ECs细胞与其他细胞的互作,节点用celltype数量表示: MDA.cellchat <- readRDS("D:/KS项目/公众号文章/cellchat V2更新教程/MDA.cellchat.rds")ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", coun...
Cellchat V2支持单细胞空转的互作分析,假设您的数据已经完成了基本的分析和注释,那么进行互作分析也是一种手段,这里简单介绍一下(请注意,数据无实际意义)。我们在写的过程中发现,其实这个步骤和scRNA的cellchat差不多(单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程))。重复写没有意思,所以我们直接介绍了cellchat(Cellchat分析受...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat=MDA.cellchat,source_celltype="ECs",count=T,celltype.size=F,showInter=T,flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype数量,那么还需要se...
Seurat V2 data.input<-seurat_object@data# normalizeddatamatrix labels<-seurat_object@idents identity<-data.frame(group=labels,row.names=names(labels))# create a dataframe of the cell labels Scanpy anndata提供了一个可用于存储单细胞数据的python类。这种数据格式也用于存储在scanpy包中。我们首先使用reticu...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", count = T, celltype.size=F, showInter=T, flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype...
第二种情况则是我们需要添加新的受配体对进入原有的数据库,例如cellchatDB目前是V2,但是我们在数据库中没有某些感兴趣的受配体,那么就可以自定义添加。 题外话:某些老师觉得自定义数据库了这个分析的逼格就上去了 !!!本文完整注释代码已发布在微信VIP群,请自行下载。我们这里是按照教程将cellphonedb的数据库添加到...
上一篇学习了单个配体受体或信号通路的可视化方式,这篇学习多个配体受体对和信号通路及相应基因表达水平的可视化。 主要分三部分: 气泡图 和弦图 小提琴图 1. 气泡图 气泡图适合用来展示指定细胞之间的相互作用关系,或者指定信号通路发生在哪些细胞间。气泡图的优势是能同时反应p值和作用强度。