如果不同数据集之间的细胞群组成略有或差异较大,请查看另一个相关的教程。 生信技能树jimmy 2022/01/17 23.2K2 单样本Cellchat(V2)细胞通讯分析学习和整理 数据分析 细胞通讯分析是一种研究不同细胞类型之间如何通过信号分子(如配体和受体)进行相互交流和调控的分析方法。它在揭示细胞间相互作用的机制,理解组织和...
写在前面学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度,分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新,建议配合官方文档一起阅读...
cellchat <- identifyOverExpressedGenes(cellchat) # 识别过表达基因 cellchat <- identifyOverExpressedInteractions(cellchat) # 识别配体-受体对 cellchat <- projectData(cellchat, PPI.human)#慢 将配体、受体投射到PPI网络 cellchat <- smoothData(cellchat, adj = PPI.human) #v2版本的 cellchat <- computeCommu...
Cellchat V1、V2分析(流程基本没有变化) 【点我跳转1】Cellchat(代码详细注释版):单细胞转录组(人、小鼠)细胞互作分析及可视化 【点我跳转2】单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程) Cellchat 个性化分析及可视化 【点我跳转】基于cellchat互作分析:弦图展示细胞互作受配体对结果(一键函数) 【点我跳转】复现Science图...
第二种情况则是我们需要添加新的受配体对进入原有的数据库,例如cellchatDB目前是V2,但是我们在数据库中没有某些感兴趣的受配体,那么就可以自定义添加。 题外话:某些老师觉得自定义数据库了这个分析的逼格就上去了 !!!本文完整注释代码已发布在微信VIP群,请自行下载。我们这里是按照教程将cellphonedb的数据库添加到...
CellChat V2现在支持从多个空间解析转录组学数据集中推断细胞间的通信。CellChat需要输入细胞(Spot)的的基因表达信息和空间位置数据,并通过整合基因表达与空间距离信息以及信号配体、受体及其辅因子之间相互作用的先验知识(CellChat的数据库DB,支持人、小鼠、斑马鱼),来建模细胞间通信的概率。
Cellchat V1、V2分析(流程基本没有变化) 【点我跳转1】Cellchat(代码详细注释版):单细胞转录组(人、小鼠)细胞互作分析及可视化 【点我跳转2】单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程) Cellchat 个性化分析及可视化 【点我跳转】基于cellchat互作分析:弦图展示细胞互作受配体对结果(一键函数) ...