单样本Cellchat(V2)细胞通讯分析学习和整理 数据分析 细胞通讯分析是一种研究不同细胞类型之间如何通过信号分子(如配体和受体)进行相互交流和调控的分析方法。它在揭示细胞间相互作用的机制,理解组织和器官如何协调运作方面具有重要意义。 凑齐六个字吧 2024/09/21 4060 🤩 Cellchat | 空间转录组也可以做细胞通讯啦...
CellChatDB v2包含约3300个经过验证的分子相互作用,其中包括约40%的分泌性自分泌/旁分泌信号相互作用、约17%的细胞外基质(ECM)-受体相互作用、约13%的细胞-细胞接触相互作用和约30%的非蛋白信号相互作用。与CellChatDB v1相比,CellChatDB v2新增了超过1000个蛋白和非蛋白相互作用,例如信号代谢和突触信号。需要注意的...
AI代码解释 pip install umap-learn-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 注意,如果R是安装在conda环境中,这一步需要重启R后直接运行以下代码设置reticulate的使用环境 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 reticulate::use_condaenv(condaenv='r4')#将参数'r4'换成你自己的环境名 接着...
Cellchat v2安装最新版哦! # cellchat version:2.1.2# Seurat version:4.3.0#本次演示数据为10X visum空转#部分内容系个人理解,如果有偏差,欢迎指正交流!#安装R包devtools::install_github("jinworks/CellChat")library(Seurat)library(CellChat)library(patchwork) 首先还是准备input文件,我们以一个样本演示: setwd("...
第二种情况则是我们需要添加新的受配体对进入原有的数据库,例如cellchatDB目前是V2,但是我们在数据库中没有某些感兴趣的受配体,那么就可以自定义添加。题外话:某些老师觉得自定义数据库了这个分析的逼格就上去了!!!本文完整注释代码已发布在微信VIP群,请自行下载。我们这里是按照教程将cellphonedb的数据库添加到...
Cellchat V2支持单细胞空转的互作分析,假设您的数据已经完成了基本的分析和注释,那么进行互作分析也是一种手段,这里简单介绍一下(请注意,数据无实际意义)。我们在写的过程中发现,其实这个步骤和scRNA的cellchat差不多(单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程))。重复写没有意思,所以我们直接介绍了cellchat(Cellchat分析受...
第二种情况则是我们需要添加新的受配体对进入原有的数据库,例如cellchatDB目前是V2,但是我们在数据库中没有某些感兴趣的受配体,那么就可以自定义添加。 题外话:某些老师觉得自定义数据库了这个分析的逼格就上去了 !!!本文完整注释代码已发布在微信VIP群,请自行下载。我们这里是按照教程将cellphonedb的数据库添加到...
cellchat <- identifyOverExpressedGenes(cellchat) # 识别过表达基因 cellchat <- identifyOverExpressedInteractions(cellchat) # 识别配体-受体对 cellchat <- projectData(cellchat, PPI.human)#慢 将配体、受体投射到PPI网络 cellchat <- smoothData(cellchat, adj = PPI.human) #v2版本的 cellchat <- computeCommu...
cellchat <- identifyOverExpressedGenes(cellchat) # 识别过表达基因 cellchat <- identifyOverExpressedInteractions(cellchat) # 识别配体-受体对 cellchat <- projectData(cellchat, PPI.human)#慢 将配体、受体投射到PPI网络 cellchat <- smoothData(cellchat, adj = PPI.human) #v2版本的 cellchat <- computeCommu...