qPCR——引物设计——NCBI-CDD查看基因的保守结构域(简单实用), 视频播放量 7742、弹幕量 3、点赞数 95、投硬币枚数 32、收藏人数 269、转发人数 78, 视频作者 二哈学姐, 作者简介 在职在读博士,苦逼的科研打工人!一直在路上!,相关视频:基因家族分析——InterPro查找
CDD: NCBI's conserved domain database. Nucleic Acids Res. 2015;43:D222-6.Marchler-Bauer A, Derbyshire MK, Gonzales NR, Lu S, Chitsaz F, Geer LY, et al. CDD: NCBI's con- served domain database. Nucleic Acids Res. 2015; 43: D222-226. doi: 10.1093/nar/gku1221 PMID: 25414356...
一、安装BLAST+ 想要在本地化CDD数据库,需要先在本地安装BLAST+,如果你还没有安装,可以参考BLAST的本地安装和简单使用这篇文章进行安装。 二、下载并解压CDD原始数据 NCBI的FTP站点提供了CDD的原始数据,并会定期更新,下载连接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/cdd.tar.gz。文件大小约为4G(截止到...
运用NCBI CDD预测结构域 NCBI CDD地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi 方便结合TBTools可视化结构域,因此推荐NCBI CDD直接下载hitdata.txt文件进行可视化。 输入 query蛋白序列,得到结果后,下载hitdata.txt文件。 下载搜索结果 可视化 具体可视化参考TBTools可视化结构域部分https://zhuanlan...
NCBI-cdd保守结构域预测 attachments-2018-07-HXZXbUUl5b55498230963.jpg 2.预测单条序列的保守结构域，点击CD-search进⼊：粘贴基因的蛋⽩序列，或者是核酸序列都可以，注意为fasta序列，如果你知道基因的GI或Accession号，也可以直接数据这些ID就可以查询，右⽅OPTIONS中选择要搜索的数据库，Expect Value等，或者...
1. NCBI中CDD数据库的查询和使用 打开NCBI首页,选择红圈里的选项 2. 进入CDD数据库,还是红圈里的选项 3. 进入后有以下界面,如果是单条序列,直接进入CD-Search选项,如果要批量查询,则进入Batch-CD- Search。此处以单条序列为例进行介绍。 4. 进入CD-search后可直接粘贴核苷酸序列或者氨基酸序列到此框中。
NCBI-cdd保守结构域预测利⽤NCBI当中的CD-search⼯具预测基因的保守结构域CDD基因家族NCBI保守结构域搜索鉴定基因的保守结构域,应该⽤专门搜索基因的保守结构域⼯具CD-search,⽽不是简单的⽤blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域,对研究基因的功能是⾮常重要的,因为⾏驶相同相近功能的基因往往...
首先，需在本地安装BLAST+工具，可参考相关教程完成安装步骤。接着，从NCBI FTP站点下载CDD原始数据包，文件大小约4GB，推荐使用aspera connect进行快速下载，解压后将数据放置于指定目录。解压后数据分为两类文件：以smp结尾的文件和以pn结尾的数据库说明文件。pn文件记录了smp文件的组成，即数据库的构建...
NCBI's CDD, the Conserved Domain Database, enters its 15(th) year as a public resource for the annotation of proteins with the location of conserved domain footprints. Going forward, we strive to improve the coverage and consistency of domain annotation provided by CDD. We maintai...
NCBI中，保守结构域CDD的比对结果的解读中，E–value和Score的值分别在什么范围，可信度比较高？在本地...