在下方的表格Enter gene symbol中选择自己感兴趣的基因,此处以EGFR为例。 然后会再跳出一个选择框选择数据库(Select dataset),这里我一般选择Expression Public 2022 Q4(这个2022 Q4是会根据网站的更新时间时时更新的,大家不用太在意这个数字),大概5秒过后,下方会弹出一个按钮Add Column,点击这个按钮后,我们刚刚选择...
进入CD44基因的页面→选择“Expression & CN”模块 →“View details in the Characterization tab”。在这个网页我们能看到该基因CD44在不同组织部位的癌细胞系的表达情况,我们可以在右上角的 “Explore relationships with other data”栏目页面里,查看CD44在具体癌肿及组织学亚型的细胞系表达情况。
打开CCLE官网 🌐 首先,访问CCLE的官方网站:Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) (broadinstitute.org)。 选择数据集 📊 在网站上,点击DATASETS,然后选择CCLE data。 使用Cell Line Selector工具 🔍 在Tools区域,点击Cell Line Selector。 创建自定义细胞系列表 📋 在左上角,点击create custom list,建立你...
在“CCLE data”页面中，选择“Tools”下拉菜单的“Cell Line Selector”。点击“Create custom list”创建自定义细胞列表。在“Add a data column”中选择“Gene”作为筛选条件。在“Enter gene symbol”处输入您感兴趣的基因，如EGFR。选择数据库时，通常选择最新的数据集，例如“Expression Public 2022...
plot(x,y, type="p",pch=16,col="blue",main="CCLE cell lines (n=32)", cex=1, cex.lab=1, cex.main=1,cex.axis=1, xlab=paste(gene1Name,"expression log2(TPM+1)"), ylab=paste(gene2Name,"expression log2(TPM+1)")) lines(x,fitted(z),col=2) ...
“mRNA expression”,Affymetrix U133+2阵列。原始Affymetrix CEL文件使用鲁棒多数组平均(RMA)转换为每个探针集的单个值,并使用分位数归一化进行归一化。摘要使用原始的Affymetrix U133+2cdf文件或重新定义的自定义CDF文件(ENTREZG-v15)。“Cell line Annotation”,细胞系注释。“Oncomap mutation”,使用Oncomap 3.0 ...
data<-TP53_Expression_21Q2_Public[TP53_Expression_21Q2_Public$`Primary Disease`=='Kidney Cancer',] 我是这样设计图片的,以点的大小代表基因表达量,按颜色表达程度,颜色从蓝到红,可以从大到小排序,也可以从小到大排列,然后用均数隔开 ggplot(data,aes(x=reorder(`Cell Line Name`,`Expression 21Q2 Public...
本周我们将介绍几个癌症相关的数据库,今天介绍的是CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia),它是Board Institute维护的一个癌症细胞系的数据库,目前有1,400多个cell line。 数据库简介 网站链接:https://portals.broadinstitute.org/ccle_legacy/home 我们可以在右上角的搜索框搜索Cell line、Annotation和Gene。比如我们...
For instance, you can replicate one of the tasks in the project. TheRNA-seq Differential Expressiontask in the copied project is a great starting point to run other differential expression analyses. All you have to do is change the input files. ...
Cell line (1035个细胞系简介)Gene Sets,1035 sets of genes with high or low expression in each cell line relative to other cell lines from the CCLE Cell Line Gene Expression Profiles dataset. http://amp.pharm./Harmonizome/dataset/CCLE+Cell+Line+Gene+Expression+Profiles ...