作者结合单细胞RNA-seq(scRNA-seq),CITE-seq,细胞内流式以及多重分泌组学技术,构建了一份CTL019细胞的多组学图谱,并阐述了2型T细胞功能与这些患者中长达8.4年的长期缓解相关。 作者获取了695819个输注前CAR T细胞的单细胞转录组和17个表面...
RNA-seq和GSEA揭示了AML中CD45RO-CCR7+CD8+Tnaïve细胞中显著激活的胆汁酸代谢途径,但MTORC1信号通路下调。单细胞RNA-seq显示在AML中CCR7、SELL、LTB和TCF1高表达的CD8+Tnaïve细胞中显著更高的FCER1G、ID2表达。使用CRISPR-Cas9在CD45RO-CCR7+CD8+Tnaïve细胞中过表达FCER1G导致记忆T细胞显著减少,但效应T...
🔷疗效相关的基因表达特征: 研究者通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)发现,与治疗反应相关的15.CAR T细胞在肿瘤组织中的基因表达特征包括FOS/JUN的高表达和SWI/SNF复合体活性的下调。 ▲.输注后在有反应者和无反应者中的肿瘤浸润15.CA...
在一项全激酶筛选研究中,RNA-seq显示PAK4在胶质母细胞瘤来源的内皮细胞中调节间充质样转录激活具有重要作用;在小鼠模型中,抑制这种激酶可改善T细胞浸润,并使胶质母细胞瘤肿瘤对EGFRvIII靶向的CAR - T敏感。 增强CAR - T细胞对抗免疫抑制。多组学分析也提供了一种识别TME中关键免疫抑制因子的有效方法,从而使CAR - T...
在上述发现的基础上,研究团队分析了 2000 多名 B 细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)患者的RNA-seq数据集,发现 YTHDF2 在 B-ALL 中始终且最显著过表达。进一步研究表明,致癌转录因子 MYC、STAT3 和 POU2AF1 等促进了 YTHDF2 的表达。 此外,CRISPR-Cas9敲除筛选和体外过表达实验均表明,YTHDF2 对 B 细胞恶性肿...
一些报告显示使用CAR-T细胞治疗的患者缺乏疗效和复发存在基因改变。Orlando等人整合了全外显子组DNA-seq和RNA-seq,以研究CD19突变导致复发的程度。他们在12例患者样本中均发现了CD19基因第2–5外显子的新发基因改变,9例患者中的8例出现杂合性缺失,结论是CD19纯合子突变是获得性抗CAR-T细胞治疗的主要原因。
该研究对来自DLBCL患者的CAR-T细胞产品和预制造T细胞进行了大量RNA-Seq、单细胞RNA-Seq和配对T细胞受体测序。具有更高比例和增强的CAR-T细胞产品激活能力的CD8+干细胞样记忆T细胞群是实现持久临床反应的关键。通过分析自体衍生的预制造T细胞，数据表明，预制造T细胞的细胞和分子特征的异质性导致了CAR-T细胞治疗DLBCL后疗效...
尽管o9R信号的增殖作用较弱,但是o9R可以改善肿瘤中T细胞浸润,IFN-γ表达增加,o9R pmel T细胞体外溶细胞能力更高。作者通过RNA-seq也证实了这些表型。而且除却与干细胞样记忆T细胞的相关变化,作者还观察到与T细胞经典激活表型相关基因富集。这表明这群细胞具有混合表型。
研究人员利用RNA-seq对两类CAR-T细胞的转录谱比较发现TSTEM样CAR-T细胞表达基因在细胞周期和DNA复制途径中富集。在体外与LeY+ OVCAR-3细胞共培养后TSTEM样CAR-T细胞能分泌显著更高浓度的IFN-γ、IL-2、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子和颗粒酶B等，且显示出更高的增殖能力，在长期刺激（>30天）后仍能保持这种...
一些报告显示使用CAR-T细胞治疗的患者缺乏疗效和复发存在基因改变。Orlando等人整合了全外显子组DNA-seq和RNA-seq,以研究CD19突变导致复发的程度。他们在12例患者样本中均发现了CD19基因第2–5外显子的新发基因改变,9例患者中的8例出现杂合性缺失,结论是CD19纯合子突变是获得性抗CAR-T细胞治疗的主要原因。