1. RT-PCR验证可变剪切 通过RT-PCR验证可变剪切,其原理是在剪切事件发生区域设计特异性引物以扩增特定片段,通过电泳分离产物并观察条带大小差异,从而验证是否存在不同的剪切形式。步骤为根据IGV浏览器确定发生的事件及对应区域的序列,在序列区域附近设计特定引物,进行PCR扩增,确定片段长度。 (Zhang H, et al. Physiol...
RT-qPCR 实时荧光定量PCR(real-timefluorescent quanti tative polymerase chain reaction, qRT-PCR)是在普通PCR的基础上增加荧光染料或荧光探针,对PCR扩增反应每个循环产物实时检测荧光信号,随着PCR产物的不断积累,荧光强度也随之增强,从而实现对起始模板的定量及定性分析,RNA-seq的准确性可以通过qRT-PCR来进行验证。 ...
第三代技术有两种：1）单分子实时测序技术（SingleMolecular Real-Time Sequencing，SMRT），仍需要RT-PCR构建cDNA文库，代表是Pracific Bioscience测序仪；2）直接测序技术（DirectRNA-seq），代表是OxfordNanopore测序仪。1. SMRT：PracificBiosciences SMRT技术无需打碎样品，通过在模板两端接上Adapter构建成环形DNA分子...
RNA-seq其实只是一个筛选后和参考的数据,不一定准确,一般挑出靶点后,就是用RT-PCR来进行验证的。结果一 题目 检验RNA-seq的数据为什么用RT-PCR 答案 还有更好更实惠的方法吗?RNA-seq其实只是一个筛选后和参考的数据,不一定准确,一般挑出靶点后,就是用RT-PCR来进行验证的.相关推荐 1检验RNA-seq的数据为什么用...
传统的融合基因检测方法主要包括Fluorescence in situ hybridization(FISH)和实时定量聚合酶链反应(RT-PCR)。然而,这些方法只能检测单个融合基因,无法识别新的融合基因伴侣或解析复杂的结构重组。而靶向RNA-seq技术可以克服这些限制,其敏感度高,能够检测到罕见或较低表达的转录本。 靶向RNA-seq的优势在于能够在一个实验中...
为了验证RNA-seq的分析结果,我们设计了特异性引物并进行了RT-PCR实验以检测患者cDNA的变化。实验表明,IDS基因转录水平确实存在8和9号外显子的缺失,且存在IDS-EOLA1融合转录本。此外,患者的母亲没有融合转录本形成,这表明患者体内的变异是新生...
传统的融合基因检测方法主要包括Fluorescence in situ hybridization（FISH）和实时定量聚合酶链反应（RT-PCR）。然而，这些方法只能检测单个融合基因，无法识别新的融合基因伴侣或解析复杂的结构重组。而靶向RNA-seq技术可以克服这些限制，其敏感度高，能够检测到罕见或较低表达的转录本。靶向RNA-seq的优势在于能够在一个...
此外,通过整合ATAC-seq和RNA-seq,鉴定了349个开放式DACR中的上调基因和126个封闭式DACR的下调基因,其中34个转录因子(TF)通过上游基序的搜索得到进一步鉴定,8个转录因子的转录水平通过RT-PCR得到验证。还发现这些TF中的四个(OsWRKY77、OsWRKY28、OsZFP12和OsERF91)与RSV蛋白相互作用,因此被预测在RSV感染中发挥重要...
与传统的融合检测技术(如FISH、免疫组化、RT-PCR等)相比,RNA-Capseq能够在一次检测中评估数百个基因,提供高分辨率的融合基因检测,能同时识别已知和新的融合基因。虽然NGS检测流程较长,但这种多基因“宽度”可以缩短诊断时间,同时提高诊断...
将RNA测序和RT-PCR相结合,该团队研究了额外61例BCR-ABL1融合阴性的B细胞ALL患者样品三种最常见新融合的发生率,包括DUX4,ZNF384或MEF2D。最常见的融合是DUX4基因的重复序列插入免疫球蛋白IGH位点,该融合在10个样品中存在。虽然DUX4融合仅在青年人患者中出现,但ZNF384融合在该年龄段内更常见,而MEF2D融合在儿童...