1. RT-PCR验证可变剪切 通过RT-PCR验证可变剪切,其原理是在剪切事件发生区域设计特异性引物以扩增特定片段,通过电泳分离产物并观察条带大小差异,从而验证是否存在不同的剪切形式。步骤为根据IGV浏览器确定发生的事件及对应区域的序列,在序列区域附近设计特定引物,进行PCR扩增,确定片段长度。 (Zhang H, et al. Physiol...
1.RT-(反转录技术) 顾名思义,反转录是以RNA为模板,通过反转录酶,合成DNA的过程,常常是RNA提取或定量完成后进行下游分析的第一步,反转录合成后的DNA称为cDNA,可扩增后进行测序,或是在扩增过程中直接检测目标区域。 2.RT-qPCR 实时荧光定量反转录PCR是一种分子生物学技术,用于扩增和定量RNA,通常用于检测RNA样本...
[3] Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using wholetranscriptome RT-qPCR expression data.Scientific Report, 2017. [4] Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance tohuman disease.Robert and Watson Genome Biology, 2015. [5] Modeling of RNA-seq fragment sequence bias ...
1. RNA-seq数据分析流程 为了验证RNA-seq的分析结果,我们设计了特异性引物并进行了RT-PCR实验以检测患者cDNA的变化。实验表明,IDS基因转录水平确实存在8和9号外显子的缺失,且存在IDS-EOLA1融合转录本。此外,患者的母亲没有融合转录本形成,...
还有更好更实惠的方法吗?RNA-seq其实只是一个筛选后和参考的数据,不一定准确,一般挑出靶点后,就是用RT-PCR来进行验证的.
第三代技术有两种：1）单分子实时测序技术（SingleMolecular Real-Time Sequencing，SMRT），仍需要RT-PCR构建cDNA文库，代表是Pracific Bioscience测序仪；2）直接测序技术（DirectRNA-seq），代表是OxfordNanopore测序仪。1. SMRT：PracificBiosciences SMRT技术无需打碎样品，通过在模板两端接上Adapter构建成环形DNA分子...
让RNA建库,像RT-PCR实验一样简单,是怎么做到的呢?我们来看看操作步骤: 从上面步骤,可以看到,预混版试剂,实验操作不再复杂,加一次试剂,PCR一次,共加5次试剂(每次只加一个组分),PCR程序设置5次,即能获得文库。减少失误,减少失败率,RNA建库就是如此easy。
靶向RNAseq(转录组测序技术) 融合基因是癌症发生的主要原因。其快速准确的诊断能够指导临床行动,但是目 前分子诊断方法在分辨率和通量方面都受到抑制。荧光原位杂交 (FISH) 和实时定量聚合酶链反应 (RT-PCR) 尽管敏感度较高,但是只能检测单个融合基因。此外这些方法不能够识别新的融合基因伴侣或者解析复杂的结构重组。
由于目前的RIP-seq和RNA-seq方法经常对长度大于50个核苷酸(nt)的RNA进行片段化及利用随机引物进行RT-PCR扩增后测序,从而导致这些方法无法测定全长的ncRNA和无法发现 ncRNA 上的序列和结构基序及其距离RNA末端的精确位置。针对这些问题,研究团队首先通过开发RIP-PEN-seq技术去测定人和小鼠中与15.5K蛋白互作的全长ncRNA分...
RT-PCR验证靶基因的mRNA水平 Western blot验证靶基因的蛋白水平 Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 YTHDF1引入突变后,检测其假定靶基因的表达和与靶基因的结合是否受到影响 关于易RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等...